金属-水溶液体系，使用isotropic或semiisotropic控压，要么有真空，要么溶液就飞了

chuxuedexiaobai · 发表于 Post on 2024-4-23 15:46:33

牧生发表于 2024-4-22 21:42
最终实际没解决。。因为文献中的α铁参数不完美，需要用限制才行，但限制后仍然有轻微变形，冻结的话倒是 ...

如何确定自己的金属参数是否适合用来模拟呀

牧生 · 发表于 Post on 2024-4-23 15:59:53

本帖最后由牧生于 2024-4-23 16:13 编辑

chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-23 15:46
如何确定自己的金属参数是否适合用来模拟呀

目前情况下，用gmx跑的话，除非你把铁原子都冻结，才能跑出一个符合预期的合理结果。这样做的话，潜在风险是被质疑冻结的合理性。

至于确定参数的合理性，跑一下MD，铁胞变不变形等，自然就看出来了。

喵星大佬 · 发表于 Post on 2024-4-23 17:54:37

chuxuedexiaobai 发表于 2024-4-23 15:43
老师，如果要用铁的话，跑的话要用什么跑才行呢

gmx就没法做，换力场换软件

chuxuedexiaobai · 发表于 Post on 2024-4-24 15:11:17

牧生发表于 2024-4-23 15:59
目前情况下，用gmx跑的话，除非你把铁原子都冻结，才能跑出一个符合预期的合理结果。这样做的话，潜在风 ...

感觉要换课题了，确实我试了好多次，铁面就是会变形，哎，感谢您的解答

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[GROMACS] 金属-水溶液体系，使用isotropic或semiisotropic控压，要么有真空，要么溶液就飞了