关于若相互作用图形化问题

zhb

老师，您好，我想用相互作用区域指示函数（interaction region indicator ）来体现氢键从基态到激发态加强现象，遇到几个问题，想请教您：
1.如图，基态作图发现有氢键存在，并且H和N之间颜色很深，但做激发态的时候发现O，H，N都连在一起。是解释为激发态H和N已经开始成键了吗？但是激发态fchk输入文件分子模型H和N并没有连到一起。用什么方发可以解决呢？
2.如果用平面填色图，怎么从图中比较键的强度，是看中间红色区域的大小吗？还有做平面填色图可以调整分子模型的摆放吗？因为做出来分子总是倒着摆放。
麻烦老师啦，谢谢您。

sobereva

IRI的目的在于图形化展现相互作用区域，并不直接体现相互作用强度

根据你当前的目的，用Multiwfn对S0和S1波函数分别做AIM分析，根据BCP性质考察两种情况下氢键强度，最适合、最方便也最有说服力

仔细看
透彻认识氢键本质、简单可靠地估计氢键强度：一篇2019年JCC上的重要研究文章介绍
http://sobereva.com/513（http://bbs.keinsci.com/thread-14600-1-1.html）