求助：schrodinger 大规模虚筛如何实现并行计算

邓仰福 · 发表于 Post on 2021-11-9 09:42:32

请教各位老师，最近想用schrodinger做大规模虚拟筛选，eg十万个小分子，该怎么充分利用cpu呢（默认调用全部cpu，但任务不会分割吧，所以筛的时候点击run后实际上还是单核，薛定谔中如何操作分割任务以达到利用所有cpu核数（并行计算）的目的呢：比如10万个小分子，一万个为一组，分成10组，同时提交至多核分担筛选，这样分割任务后效率才高吧，不知道怎么用软件实现它呢）还是说要通过命令行的方式才能实现虚筛计算效率最大化呢（网上搜到GNU Parallel是一个shell工具，为了在计算机上并行的执行计算任务，不知是否是需要类似这样的命令能实现并行计算充分利用计算机的性能呢）

OIrH · 发表于 Post on 2021-11-9 21:06:15

在job setting 里可以设置使用CPU数量的。

smooth85 · 发表于 Post on 2021-11-9 21:09:32

Schrodinger是可以并行的，不知道你的为什么不能并行。
如果的确不能并行，人为把10万配体prepare后分割成多份就好了，同时运行多个schrodinger窗口对接

邓仰福 · 发表于 Post on 2021-11-10 19:12:49

OIrH 发表于 2021-11-9 21:06
在job setting 里可以设置使用CPU数量的。

在那里设置，薛定谔会自己分配所有的核数来自动并行运算吗

邓仰福 · 发表于 Post on 2021-11-10 19:14:51

smooth85 发表于 2021-11-9 21:09
Schrodinger是可以并行的，不知道你的为什么不能并行。
如果的确不能并行，人为把10万配体prepare后分割成 ...

您好，我的意思不是薛定谔不能并行运算哈，我不知道能不能

您的意思是点击run后会自动进行并行运算嘛

OIrH · 发表于 Post on 2021-11-10 20:23:55

邓仰福发表于 2021-11-10 19:12
在那里设置，薛定谔会自己分配所有的核数来自动并行运算吗

你用的win版？就是在提交任务的时候，输出文件名右侧一个齿轮图标那里。Schrodinger很优秀的软件了，不会这么基本的问题都不会考虑。

邓仰福 · 发表于 Post on 2021-11-10 21:10:27

OIrH 发表于 2021-11-10 20:23
你用的win版？就是在提交任务的时候，输出文件名右侧一个齿轮图标那里。Schrodinger很优秀的软件了，不会 ...

好的，谢谢

hardtobeng · 发表于 Post on 2024-10-27 00:38:06

我用的2018版薛定谔，它是不会自动分割任务的，虽然它默认使用所有核来计算，但因为任务没有分割，依然是一核有难多核围观，就一个核在跑。所以必须手动设置任务分割数量。在run旁边的齿轮图标，点开出这个页面，这个图里面，上方是用的核的数量，下方是任务分割的数量。

邓仰福 · 发表于 Post on 2024-10-27 19:57:15

hardtobeng 发表于 2024-10-27 00:38
我用的2018版薛定谔，它是不会自动分割任务的，虽然它默认使用所有核来计算，但因为任务没有分割，依然是一 ...

谢谢，是这样的呢

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