求助Gromacs单向施压物理意义及如何操作

Ymw2021 · 发表于 Post on 2021-11-25 00:52:07

背景描述：为了获得某物质的融点melting point。固态和液态两个状态的同种物质同时放入系统中。如果在某一温度区间，系统发展成完全液相或完全固相，这证明melting point处于该温度区间，示意图如图所示。
问题1：为什么模拟采用NPxT（只在垂直于固液界面的方法施加压力控制）系综比NPT（三面控压）更加精确？
问题2：只在单一方向施加压力的物理意义是什么呢？其他两个方向没有压力控制，原子会在这两个方向无限扩展吗？
非常感谢大家！

牧生 · 发表于 Post on 2021-11-25 06:50:55

请问一下，如何实现的单向加压力啊。mdp里面如何设置

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2021-11-25 09:59:37

牧生发表于 2021-11-25 06:50
请问一下，如何实现的单向加压力啊。mdp里面如何设置

控压用半各向同性（semiisotropic）或各向异性（anisotropic），平行于界面方向压缩系数设置为0

牧生 · 发表于 Post on 2021-11-25 13:41:32

Entropy.S.I 发表于 2021-11-25 09:59
控压用半各向同性（semiisotropic）或各向异性（anisotropic），平行于界面方向压缩系数设置为0

我对这个产生了兴趣，但是对于我这样一个盒子（模拟气体通过一个多孔介质），如图所示，有三个压力，该如何设置其中一个方向的压力有差异呢，如图中，Z方向入口5 MPa，出口0.1MPa

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2021-11-25 14:03:49

牧生发表于 2021-11-25 13:41
我对这个产生了兴趣，但是对于我这样一个盒子（模拟气体通过一个多孔介质），如图所示，有三个压力，该如 ...

压力耦合应该做不到这个。可以试试用NVT系综，初始模型左边放高浓度气体分子，右边真空，限制中间多孔材料在z方向的移动

sobereva · 发表于 Post on 2021-11-26 11:41:04

施加压力和控压语义不同，你当前的问题是控压。而施加压力相当于直接给原子加上外力，不是压浴干的事。

XY方向不控压应当是避免随着模拟进行盒子在XY方向的尺寸出现自发的变形，导致被考察的模型的特征被破坏。原文可能有更多说明。

Ymw2021 · 发表于 Post on 2021-11-26 22:13:33

sobereva 发表于 2021-11-26 11:41
施加压力和控压语义不同，你当前的问题是控压。而施加压力相当于直接给原子加上外力，不是压浴干的事。

...

谢谢sob老师，我大致了解了其意义，我再去原文里多看看。感谢

许豪铭 · 发表于 Post on 2023-11-27 14:29:14

Ymw2021 发表于 2021-11-26 22:13
谢谢sob老师，我大致了解了其意义，我再去原文里多看看。感谢

你好，我想问问，这个原文在哪

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[GROMACS] 求助Gromacs单向施压物理意义及如何操作