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[Amber] 求助amber做的PCA通过ddtpd计算FEL的问题

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请问卢老师,我用amber做的PCA,然后使用PC1和PC2的数据,通过您的ddtpd,来计算FEL。我有两个问题:第一:请问如何找到能量最低的结构是哪一帧呢。我是这样找的。在result文件中找第三列自由能为0 所在的行数,就是轨迹中对应的那一帧因为amber中会有数值对应的帧数,如我上传的图片。这个前提就是经过ddtpd 处理后的数据的顺序还是原来的顺序。请问这样做正确吗
第二个问题就是引用的话应该怎么引合适

202201061724544662..png (20.08 KB, 下载次数 Times of downloads: 45)

amber-PCA数据

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发表于 Post on 2022-1-6 18:51:39 | 只看该作者 Only view this author
你这个标题可能会被社长指责。。。。
计算小白 水平很菜
随时可喷 万望指点

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发表于 Post on 2022-1-6 19:18:30 | 只看该作者 Only view this author
先去看置顶帖http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html,把标题改好了再来吧
现代化学以狄拉克的一句“一切化学问题业已解决”为嚆矢。滥觞于经验主义传统的期望正失去它们的借鉴意义。但面对看似不可达的通往天堂之阶梯,我想循伍德沃德“最好的模型是你底物的对映异构体”的信仰好过过早地振翮。
我们怀揣热忱的灵魂天然被赋予对第一性的追求,不屑于单一坐标的约束,钟情于势能面彼端的芬芳。但

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发表于 Post on 2022-1-6 21:30:45 | 只看该作者 Only view this author
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问,并清楚、准确反映出帖子具体内容,避免有任何歧义,仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的严重不恰当标题“求助”改了,以后务必注意,下次将删帖+扣分处理

不要未加说明的情况下使用不常见的缩写FEL,只有很内行、恰好知道ddtpd是什么的人才大概能猜出来你指的是什么
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

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发表于 Post on 2022-1-7 04:11:14 | 只看该作者 Only view this author
1 用Excel对能量做个排序,看能量最低的帧号便知

2 引用:
Tian Lu, ddtpd program Version 1.3, http://sobereva.com/73 (accessed on 访问日期)
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-7 11:00:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-6 21:30
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示,求助帖必须在帖子标题明确体现出此 ...

好的,不好意思老师,下次一定规范

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-1-7 11:01:27 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-7 04:11
1 用Excel对能量做个排序,看能量最低的帧号便知

2 引用:

好的,谢谢老师

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发表于 Post on 2024-7-25 20:50:51 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 Lyueyang2020 于 2024-7-25 20:54 编辑

请问楼主,amber得到的mode1 mode2,如何使用ddtpd进行计算呢?ddtpd需要的2d.xvg文件格式与amber得到的.dat文件(如您上述贴图)二者有什么区别,需要怎么更改.dat文件才能用ddtpd计算呢?
不好意思打扰大家了,弄明白了,只保留mode1和mode2列就可以了。

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发表于 Post on 2024-7-25 21:04:46 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-1-7 04:11
1 用Excel对能量做个排序,看能量最低的帧号便知

2 引用:

感谢老师的解答。请问老师result2.txt文件只有10000行(输入文件有14000帧),如教程所述“result2.txt,前两列是PC1和PC2的坐标,第三列是-LnP的值”,无法得知第三列为0时的轨迹帧数?还请老师赐教。

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发表于 Post on 2024-7-26 10:31:11 | 只看该作者 Only view this author
Lyueyang2020 发表于 2024-7-25 21:04
感谢老师的解答。请问老师result2.txt文件只有10000行(输入文件有14000帧),如教程所述“result2.txt, ...

你好,我也遇到和您相同的问题,我的目的是统计出来概率密度最大的点计算MM/PBSA。

所以我就写了一个脚本统计落在ground minima范围中的一个重要的interval。

具体的操作逻辑如下:
(1) 通过Dr Tian Lu (Mr Sob) 的软件计算出free energy 在PC1-PC2坐标系里的分布,然后找到free energy最低的点(PC1_min, PC2_min)。
(2) 定义我们的ground minima的范围: PC1落在PC1_min ± ΔPC1, PC2落在PC2_min ± ΔPC2。
(3) 统计落在 ground minima 范围中的frames数量最多的一个 1 ns 然后计算MM/PBSA (这一步用我的代码)。

文章已经小修返回杂志社了,待接收后我会再此公开代码的。

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发表于 Post on 2025-2-5 21:25:36 | 只看该作者 Only view this author
Lyueyang2020 发表于 2024-7-25 21:04
感谢老师的解答。请问老师result2.txt文件只有10000行(输入文件有14000帧),如教程所述“result2.txt, ...

我也是同样的问题,我计算的是最后20000帧,处理之后result2.txt是10000,我现在也是不知道怎么找对应的帧数,拜托求助求助!!!

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