KST48：更强大的MECP程序

jmliu

请问老师能发一个bagel的输入案例吗？我按照git下来的那个文件写的，试了好多次都没法运行。一直提示我的输入文件有问题。E:\师匠灬\桌面\QQ图片20230516191753.png

jmliu

jmliu 发表于 2023-5-16 19:19
请问老师能发一个bagel的输入案例吗？我按照git下来的那个文件写的，试了好多次都没法运行。一直提示我的输 ...

问题已经解决了，期待大佬的新增caspt2的优化功能。

yxdd98

您好，请问KST48有约束原子坐标的功能吗？我的体系是簇模型，需要冻结边上的原子，我试着用了orca里的constraints字段，但发现计算过程中本该冻结的原子位置还是会变化。

Accelerator

yxdd98 发表于 2023-8-15 20:49
您好，请问KST48有约束原子坐标的功能吗？我的体系是簇模型，需要冻结边上的原子，我试着用了orca里的const ...

目前不能固定原子位置。我尽量在9月推出一个新版本，加入原子坐标冻结的功能，以及先前楼上提到的CASPT2读取也一直没改，在这个版本内一同加上。

jwx-yao

请问老师可以发一个orca计算的实例吗，我想用orca算老是报错...

wzkchem5

jwx-yao 发表于 2023-9-18 09:10
请问老师可以发一个orca计算的实例吗，我想用orca算老是报错...

但凡问报错问题，必须上传完整的输入输出文件
可能不是你orca输入文件写的问题，而是你的环境配置问题，那样的话别人给orca计算的实例也没用，必须你给出你这里具体报的是什么错才行

jwx-yao

wzkchem5 发表于 2023-9-18 17:15
但凡问报错问题，必须上传完整的输入输出文件
可能不是你orca输入文件写的问题，而是你的环境配置问题， ...

好的好的，谢谢谢谢，又试了试，解决问题了，感谢老师回答

wzkchem5

jwx-yao 发表于 2023-9-18 12:26
好的好的，谢谢谢谢，又试了试，解决问题了，感谢老师回答

如果自己解决了自己的问题，最好把解决方案也发一下，这样后人遇到类似问题就可以直接搜到这个帖子，不用再问一遍

jwx-yao

wzkchem5 发表于 2023-9-18 19:39
如果自己解决了自己的问题，最好把解决方案也发一下，这样后人遇到类似问题就可以直接搜到这个帖子，不用 ...

我输入文件写错了，不是别的原因，这种也需要发一下吗

Accelerator

搁置了许久，终于将这段时间内大家积攒的问题和诉求进行了一次更新。
本次更新内容：
新增功能
1. 原子固定：通过在输入文件内设置形如fixedAtoms = 1, 2-3的选项，可以实现原子固定，具体方法为优化过程中直接设置其梯度为0.编号从1开始，形如2-3的定义中包含原子3.
2. 对Gaussian的ONIOM计算的支持。需要设置如下选项：

1. isONIOM = true # if you are using the ONIOM feature of Gaussian, set this true.
   
2. chargeAndMultForONIOM1 = 0 1 0 1 0 1 0 1 0 1 0 1 #only useful for ONIOM calculation
   
3. chargeAndMultForONIOM2 = 0 1 0 1 0 1 0 3 0 3 0 3 #only useful for ONIOM calculation

复制代码

此时先前的charge, mult1, mult2等可忽略。随后在geom部分定义分层信息，形如：

1. C        2.02254521   -0.36259181   -0.01365118 M H 8
   
2. H        2.37786899   -1.37187093   -0.01446684 M
   
3. H        2.37789587    0.14134325   -0.88810836 M
   
4. C        0.48255054   -0.36054374   -0.01015114 L H 1
   
5. H        0.12722676    0.64873538   -0.00933548 L
   
6. H        0.12322871   -0.86446478   -0.88299213 L
   
7. H        0.12719988   -0.86447880    0.86430604 L
   
8. N        2.51619296    0.32971093    1.18548551 H
   
9. O        2.72397867   -0.30706606    2.22615545 H
   
10. O        2.72401165    1.54934090    1.15437446 H

复制代码

注意原子符号后面要直接跟着X坐标。
3. 支持外链几何坐标文件
通过形如

1. *geom
   
2. @a.log
   
3. *

复制代码

的方法，可以自动读取a.log中的最后一个几何坐标。支持Gaussian的.log文件、.gjf文件，以及.xyz文件（支持xyz轨迹，自动读取最后一个结构）。
4. Bug修复：修复了CASPT2读取能量不正确的问题。

Li03

请问目前支持圆锥交叉点的搜索吗

hunterpyj

赞！很好用的程序。不知作者能否考虑添加像sobMECP中将优化过程几何结构输出到traj.xyz的功能，这个对于判断结构变化有时还是很有用的

meng0612

请问老师，目前能算S0和S1的势能面交叉吗

Huschein

Accelerator 发表于 2022-1-24 19:31
程序的介绍性文章投到JOSS上后居然由于代码量太少被拒了（投稿时的版本大约800行，JOSS中送审的程序中行数 ...

JOSS的人真的不懂，我本来打算不想搞太麻烦，然后直接上JOSS，JOSS直接拒稿，然后索性又鼓捣三个月补充了很多功能和测试，现在在JCTC送审

Accelerator

meng0612 发表于 2024-11-6 21:33
请问老师，目前能算S0和S1的势能面交叉吗

Github主页有案例教程，里面直接给出了2个相关的例子：
S1-T1 MECP of a TADF molecule （如果你使用TD-DFT计算，可采用书写td关键字的方法）
ORCA CASSCF: S0/S1 crossing point of CH2 （如果你使用ORCA进行CASSCF计算，可采用书写tail1和tail2关键字的方法）