计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 3659|回复 Reply: 7
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[GROMACS] 用gromacs做离子液体和水的相平衡,选择gaff力场和spce可以吗,好做吗

[复制链接 Copy URL]

52

帖子

0

威望

768

eV
积分
820

Level 4 (黑子)

跳转到指定楼层 Go to specific reply
楼主
完全新手小白,想了解一下大概的相平衡模拟流程

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120160

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2022-1-16 05:58:52 | 只看该作者 Only view this author
标题不能代替帖子内容
不要把要问的光写到标题里

对于标题里的问题,答案是可以
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

236

帖子

0

威望

1229

eV
积分
1465

Level 4 (黑子)

实验组内的DFT计算、第一性原理、MD模拟爱好者

3#
发表于 Post on 2025-2-24 22:12:53 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 JCenter 于 2025-2-25 02:33 编辑
sobereva 发表于 2022-1-16 05:58
标题不能代替帖子内容
不要把要问的光写到标题里

卢老师,我有一个疑问:一个体系内有有机分子也有水,有机分子使用gaff力场,默认截断半径为1nm.而水模型,像spc/e的截断半径0.9nm,opc的截断半径为0.8nm,这种情况下,动力学参数中的截断半径以哪个为主,或者说怎么考虑呢
目前专攻:
基于DFT、MD模拟的自由能计算
基于过渡态理论的自由能垒和反应速率常数计算
基于MD模拟的交联聚合物计算

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120160

管理员

公社社长

4#
发表于 Post on 2025-2-25 12:09:24 | 只看该作者 Only view this author
JCenter 发表于 2025-2-24 22:12
卢老师,我有一个疑问:一个体系内有有机分子也有水,有机分子使用gaff力场,默认截断半径为1nm.而水模型 ...

优先用溶质的力场的设置,这是最关键的,当前重点不是描述水之间的相互作用
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

236

帖子

0

威望

1229

eV
积分
1465

Level 4 (黑子)

实验组内的DFT计算、第一性原理、MD模拟爱好者

5#
发表于 Post on 2025-2-25 15:07:37 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-2-25 12:09
优先用溶质的力场的设置,这是最关键的,当前重点不是描述水之间的相互作用

好嘞,明白啦,感谢卢老师
目前专攻:
基于DFT、MD模拟的自由能计算
基于过渡态理论的自由能垒和反应速率常数计算
基于MD模拟的交联聚合物计算

54

帖子

0

威望

253

eV
积分
307

Level 3 能力者

6#
发表于 Post on 2025-4-23 16:35:54 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-2-25 12:09
优先用溶质的力场的设置,这是最关键的,当前重点不是描述水之间的相互作用

卢老师,对于gaff2力场也是优先使用默认截断半径1.0nm吗?看到好多文献使用1.2nm和1.4nm,说有利于计算界面张力更准确,我自己测试相差5%左右,这个影响算大吗?

6万

帖子

99

威望

5万

eV
积分
120160

管理员

公社社长

7#
发表于 Post on 2025-4-23 21:25:59 | 只看该作者 Only view this author
xishaofan 发表于 2025-4-23 16:35
卢老师,对于gaff2力场也是优先使用默认截断半径1.0nm吗?看到好多文献使用1.2nm和1.4nm,说有利于计算界 ...


一般来说尽量用原文的cutoff,除非严格的测试表明略大的cutoff就是有益精度。5%不大不小,关键取决于你的研究重点,如果是想比如横测不同力场的好坏,那就是很值得一提的事。
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

54

帖子

0

威望

253

eV
积分
307

Level 3 能力者

8#
发表于 Post on 2025-4-24 10:30:53 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2025-4-23 21:25

一般来说尽量用原文的cutoff,除非严格的测试表明略大的cutoff就是有益精度。5%不大不小,关键取决于 ...

好的,谢谢卢老师!

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2025-8-16 17:15 , Processed in 0.147234 second(s), 20 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list