关于Gaussview画原子比较多、而且没有什么对称性的体系的问题

大头攒毛 · 发表于 Post on 2022-2-22 22:46:37

问一下各位，gaussview画图，如果遇到原子比较多、而且没有什么对称性（比如C6H13NO5）的情况，是先粗略画完后，进行几何优化？还是找资源库里既有的结构，对于gaussview，结构资源在哪里找？

sobereva · 发表于 Post on 2022-2-22 22:56:21

这根本就没多少原子
你的这个例子直接基于gview自带的片段和基团库画最快，用不了半分钟。几何优化总是要做的。

对于稍微复杂一些的分子，比如环糊精什么的，懒得或不好自己画就去pubchem、chemspider等地方搜分子下载初始结构。但这样的结构也没法直接用，注意看下文里的相关信息
实验测定分子结构的方法以及将实验结构用于量子化学计算需要注意的问题
http://sobereva.com/569

大头攒毛 · 发表于 Post on 2022-2-22 22:59:37

谢谢sobereva老师

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-2-23 09:59:12

本帖最后由 zjxitcc 于 2022-2-23 10:07 编辑

你这体系太小了，GaussView画几十秒就搞定了。大型有机分子可以用ChemDraw画出键线式，然后复制粘贴进Chem3D，就有了三维结构，见《借助ChemDraw和Chem3D构建大分子模型》。中小型常见分子也可以用ChemDraw，菜单栏上Structure->Convert Name to Structure，把常用名/系统命名输进去，就出来键线式了。

flyingchow · 发表于 Post on 2022-2-23 11:00:26

我现在基本上都用openbabel直接将smiles转成结构文件，用一个--gen3d命令就产生一个3d结构了。当然，肯定要优化后才能算的。

flyingchow · 发表于 Post on 2022-2-23 11:00:30

我现在基本上都用openbabel直接将smiles转成结构文件，用一个--gen3d命令就产生一个3d结构了。当然，肯定要优化后才能算的。

大头攒毛 · 发表于 Post on 2022-2-23 15:58:38

谢谢大家，介绍的方法我都试一下吧

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[Gaussian/gview] 关于Gaussview画原子比较多、而且没有什么对称性的体系的问题