蛋白质+配体模拟中如何确定配体分子的净电荷？

谭谭野野 · 发表于 Post on 2022-3-7 21:07:34

在蛋白质+配体的动力学模拟中，我们要用acpype产生配体的拓扑和坐标文件，如命令：./acpype.py -i xxx.mol2 -n 1。那么如何事先确定配体所带净电荷及多少电荷？能否通过它所补得的氢的个数？补得一个氢及带一个单位正电荷，补得两个氢及两个单位正电荷？谢谢！

yjb · 发表于 Post on 2022-3-7 21:21:09

可以通过https://proteins.plus/
这个网站，先算一下。

fhh2626 · 发表于 Post on 2022-3-8 09:51:17

配体是什么结构你在做模拟之前应该是知道的，带多少电荷也应该提前知道

喵星大佬 · 发表于 Post on 2022-3-8 16:21:24

fhh2626 发表于 2022-3-8 09:51
配体是什么结构你在做模拟之前应该是知道的，带多少电荷也应该提前知道

可能是弱酸/碱不确定质子化状态

如果有晶体，看一下晶体里面附近的残基有没有可以形成氢键啥的来确定质子化状态

如果是对接得到的，把不同质子化状态的分别对接分别跑MD

fhh2626 · 发表于 Post on 2022-3-8 17:14:50

喵星大佬发表于 2022-3-8 16:21
可能是弱酸/碱不确定质子化状态

如果有晶体，看一下晶体里面附近的残基有没有可以形成氢键啥的来确定 ...

这种情况一般都是都算一遍，然后看看哪个结果是想要的

王涛 · 发表于 Post on 2025-10-24 10:11:50

yjb 发表于 2022-3-7 21:21
可以通过https://proteins.plus/
这个网站，先算一下。

你好，请问这个网站可以预测肽段的净电荷数吗？

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[GROMACS] 蛋白质+配体模拟中如何确定配体分子的净电荷？