使用高斯优化一个铁氮掺杂的石墨烯结构掺入F或S原子的结构时一直报错

guoguoping199 · 发表于 Post on 2022-3-14 12:01:56

软件：gaussian 16 C01，Linux平台
计算路径：先优化一个石墨烯结构，然后在优化好的石墨烯中用Fe原子和N原子取代中间的C原子，再次优化。
再第二次优化的结构中，用B或F或S原子取代一个C原子，再次优化，其中B原子取代的顺利完成，F和S原子取代的一直报错。
说明：B,F,S三者使用相同的基组，相同的结构，相同的核心和内存。

B取代和S取代的log文件太大无法上传。

DD1.gjf (4.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 20)

F.gjf (4.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 9)

F.log (250.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

S.gjf (4.44 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

yaoyuan0711 · 发表于 Post on 2022-3-14 14:39:17

参考http://bbs.keinsci.com/thread-4829-1-1.html

“成因：SCF不收敛

解决方法：首先确保输入文件中存在#p而不是#（用#p不是为了解决不收敛本身，而是使Gaussian输出SCF的迭代过程，用以判断SCF不收敛属于哪种情况），然后阅读：http://sobereva.com/61（切勿到网上乱查“解决方法”，能有效解决的办法上文都有）”

小墨 · 发表于 Post on 2022-3-14 14:56:34

有金属很正常，同楼上所言，一般来说有金属不太可能是完美的闭壳层，所以推荐先检查一下自旋多重度，多试几次。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-3-14 16:23:28

首先确保你算的结构是合理的，只有合理的结构才可能保证SCF收敛。
石墨烯里面氟取代碳的缺陷不是1:1取代的，只能一对多取代，也就是需要同时拿掉好几个碳才能掺杂进一个氟，这个是但凡有一点有机化学基础就能搞清楚的问题，哪怕不懂有机化学，自己查一下文献也能知道文献用氟掺杂石墨烯是怎么掺杂的。类似地，石墨烯如果用硫按1:1取代碳，硫必须带一个正电，所以电荷要相应改变。
做掺杂计算最忌讳的就是假设所有缺陷都是1:1掺杂，诸如从石墨烯里抠掉一个碳原子直接往里放个Fe（实际应该抠掉相邻的两个碳原子），从g-C3N4里面的二级胺结构R-NH-R里抠掉一个氮原子往里放个氯（实际掺杂的时候应该断键，变成R-Cl H2N-R，或者R-Cl H-R），等等。其次忌讳的就是假设所有位点都可以掺杂任何元素。一定要充分地查文献，了解不同材料掺杂不同杂质的规律，再做计算，不是你在gaussview里随便把一个原子换成另一种元素就行的，那种做法对于氧族化合物、卤化物或许大多数时候成立，但是对于碳材料大多数时候是不成立的。对于石墨烯掺杂，还需要知道怎么画体系的共振式，只有共振式稳定的掺杂结构才是存在的。

guoguoping199 · 发表于 Post on 2022-3-14 18:34:40

wzkchem5 发表于 2022-3-14 16:23
首先确保你算的结构是合理的，只有合理的结构才可能保证SCF收敛。
石墨烯里面氟取代碳的缺陷不是1:1取代的 ...

好的，谢谢大佬，这个结构只是想预测一下看看能不能成，之前也没接触过类似的，犯低级错误了

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