关于ORCA做动力学冻结某些原子的问题

uenh1998 · 发表于 Post on 2022-3-22 21:30:18

      各位老师好，我想利用ORCA做一个两个分子的从头算分子动力学模拟，研究可能的相互作用。已经利用VMD的选择语句抠出了两个反应物及其周围一定距离内的氨基酸残基（图1），（即社长博文里的簇模型）。
      有一个问题：我想模拟从头算分子动力学时，需要将周边的氨基酸的C原子骨架固定住防止乱跑。参考 http://bbs.keinsci.com/thread-2432-1-1.html 帖子里社长的回复，试图利用Multiwfn选择相应的原子固定住（图2）但是在设置计算任务为分子动力学后，没有找到冻结原子的选项。
      是不是利用ORCA做AIMD时不能冻结原子呢？如果冻结的话，需要怎么操作，或者如何在inp文件里修改呢？上Inp文件截图，请社长顺便指点一下，十分感谢各位！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-3-22 22:29:35

AIMD要用%md模块里的constraint关键字冻结原子，具体参见orca说明书

uenh1998 · 发表于 Post on 2022-3-23 09:43:46

wzkchem5 发表于 2022-3-22 22:29
AIMD要用%md模块里的constraint关键字冻结原子，具体参见orca说明书

十分感谢！我看下

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