如何用gromacs保持一侧的浓度

大闸蟹 · 发表于 Post on 2022-3-29 15:43:15

使用GROMACS模拟膜的气体分离性能，盒子两侧使用虚拟墙。请教如何保持进气侧的气体分子数量，并且删除出气侧的气体分子

sobereva · 发表于 Post on 2022-3-29 17:20:36

帖子标题里不要手写【求助】这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里面说了

GROMACS没法直接实现。顶多是写个脚本，每次跑一定步数，自动对gro文件进行检测/修改，然后自动继续跑。

Entropy.S.I · 发表于 Post on 2022-3-29 18:49:29

换个思路，用SLAB模型，膜放中间，沿法向对气体做牵引动力学，考察膜两侧附近一定范围内各气体浓度。算不上严谨，但至少可以定性

EdwardLimit · 发表于 Post on 2022-3-30 09:38:26

gmx做不了对流过程，你用lammps吧，进料浓度没办法保证，但可以保证下游真空。

大闸蟹 · 发表于 Post on 2022-3-31 10:06:30

sobereva 发表于 2022-3-29 17:20
帖子标题里不要手写【求助】这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里面说了

GROMACS没 ...

我以后注意，谢谢sob老师

大闸蟹 · 发表于 Post on 2022-3-31 10:10:05

EdwardLimit 发表于 2022-3-30 09:38
gmx做不了对流过程，你用lammps吧，进料浓度没办法保证，但可以保证下游真空。

好嘞，谢谢大佬指点

大闸蟹 · 发表于 Post on 2022-3-31 10:11:25

Entropy.S.I 发表于 2022-3-29 18:49
换个思路，用SLAB模型，膜放中间，沿法向对气体做牵引动力学，考察膜两侧附近一定范围内各气体浓度。算不上 ...

好，谢谢！

EdwardLimit · 发表于 Post on 2022-3-31 11:20:36

大闸蟹发表于 2022-3-31 10:10
好嘞，谢谢大佬指点

不是大佬，但我最近在写一个控制上游浓度和保持下游真空的脚本，嵌入gmx中做渗透汽化、气体分离等动态平衡膜过程的MD模拟，有兴趣的话可以加我好友交流。

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