请问混用力场时，如何正确注意力场联用的兼容问题？

高处裹棉被 · 发表于 Post on 2022-3-31 22:18:24

本帖最后由高处裹棉被于 2022-3-31 22:52 编辑

各位老师好，我正在建立一个二元体系的模型，其中一种是PMMA（由GAFF力场进行构建），另一种是CO2（由Zhang的模型构建），在之前的学习中了解到力场联用需要注意非键参数规则以及1-4作用。

请问CO2既然只有三个原子，那是否非键参数规则以及1-4作用跟着GAFF力场走就行？（混合规则用L-B，fudgeLJ=0.5，fudgeQQ=0.8333）

另外想请问力场参数表格中eplison为什么要除以kB得到K的单位，怎么转换成kJ/mol?

感谢各位老师

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-1 00:28:54

和GAFF可以直接兼容

看https://en.wikipedia.org/wiki/Boltzmann_constant

高处裹棉被 · 发表于 Post on 2022-4-1 15:55:20

本帖最后由高处裹棉被于 2022-4-1 19:16 编辑

sobereva 发表于 2022-4-1 00:28
和GAFF可以直接兼容

看https://en.wikipedia.org/wiki/Boltzmann_constant

谢谢老师，我按照Zhang的刚性CO2模型（表格最后一行）写了一个itp文件，并想无视掉分子内原子相互作用项
在此对键长进行了约束，而键角部分我用了EPM2模型中的力场常数，但我也搜到说可以随便设置一个较大的数值即可，或者请问还是该对键角进行限制180？
C:\Users\xyw990610\Desktop\1

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-1 23:59:30

高处裹棉被发表于 2022-4-1 15:55
谢谢老师，我按照Zhang的刚性CO2模型（表格最后一行）写了一个itp文件，并想无视掉分子内原子相互作用项
...

约束成180度最理想，但把力常数设成足够大的值也足矣基本维持线型，效果差不多

高处裹棉被 · 发表于 Post on 2022-4-2 10:18:17

本帖最后由高处裹棉被于 2022-4-2 23:41 编辑

sobereva 发表于 2022-4-1 23:59
约束成180度最理想，但把力常数设成足够大的值也足矣基本维持线型，效果差不多

感谢老师回答，我在博文http://sobereva.com/10例子中只看到了约束原子距离的例子，请问约束键角该如何操作？

我将[constraints]一栏中增加了一行O-O原子间距离约束为C=O原子间距离的两倍，并删除[angles]一栏，以达到180度的效果，请问这样做是否正确？

sobereva · 发表于 Post on 2022-4-3 20:26:48

高处裹棉被发表于 2022-4-2 10:18
感谢老师回答，我在博文http://sobereva.com/10例子中只看到了约束原子距离的例子，请问约束键角该如何操 ...

实际跑跑试试，如果效果符合预期就可以

雷阵雨 · 发表于 Post on 2025-7-31 14:16:53

请问各位老师如果amber14sb和TraPPE-small两个力场混用的话是不是直接在拓扑文件里面写成这样即可？
#include "amber14sb_OL15.ff/forcefield.itp"
#include "trappe_small.ff/forcefield.itp"

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