求助：蛋白-蛋白分子对接如何选择对接结果

阳台的茵蒂克丝 · 发表于 Post on 2022-4-20 09:53:27

各位老师，我对猪的一对互作蛋白同源建模，动力学模拟，然后用cluspro、ZDOCK等工具进行分子对接。选择对接构象时候我发现PDB数据库中人的这对互作蛋白已经被解出来了。那么我在选择对接结果时候可以参考人的晶体结构吗（序列同源性接近80%）？如果我参考人的互作蛋白构象，从我的对接结果中挑选合适的构象，应该如何选择呢？单纯看对接结果和人的晶体结构RMSD值非常大。

ChaosChiao · 发表于 Post on 2022-4-20 10:00:31

选择与晶体结构最接近的，或者重新以晶体结构为参照进行对接。

阳台的茵蒂克丝 · 发表于 Post on 2022-4-20 12:13:27

ChaosChiao 发表于 2022-4-20 10:00
选择与晶体结构最接近的，或者重新以晶体结构为参照进行对接。

请问如何判断结构最接近的，除了计算复合物的RMSD还有其他的方法吗

k64_cc · 发表于 Post on 2022-4-20 13:57:54

RMSD差了多少？10 A以内都可以算没问题。Protein-Protein Docking从原理上注定了不会太准。

序列不长的话可以试试Alphafold-multimer

阳台的茵蒂克丝 · 发表于 Post on 2022-4-20 15:19:30

k64_cc 发表于 2022-4-20 13:57
RMSD差了多少？10 A以内都可以算没问题。Protein-Protein Docking从原理上注定了不会太准。

序列不长的 ...

这张图是我参考的晶体结构，较大的这个蛋白和我的建模比较相似（序列同源性有79%）。关键就是模型对齐后这个较小的蛋白对接在什么位置。对接生成的不同模型和参考结构的RMSD分别是 7.837，7.843，7.837，7.850，7.857，7.846，7.841，7.834，7.843，7.849。可以看到不同对接结果RMSD差别很小。

Acee · 发表于 Post on 2022-4-21 09:46:05

对接完再跑一下动力学试试，蛋白质蛋白质对接本来就不准

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