求助:关于计算过渡金属氧化物体系的DOS前调整晶体方向轴的问题

Simple · 发表于 Post on 2022-5-8 16:09:17

本帖最后由 Simple 于 2022-5-9 10:06 编辑

老师们好，本人目前正在学习使用VASP计算DOS图，在学习的过程中浏览到了这样的一篇文章，即是在计算IrO2的5个d轨道的DOS前需要对IrO2的晶体方向轴进行调整（从图1调整至图2）。

文章链接如下：https://zhuanlan.zhihu.com/p/461227919
文章中使用的示例为IrO2，但是本人目前的研究体系为过渡金属羟基氧化物，请问如何将羟基氧化物的晶体方向轴调整到与八面体方向一致呢？附件中附上了γ-CoOOH的晶胞。感谢各位老师！

CoOOH.cif (1.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

陈小北 · 发表于 Post on 2022-5-9 22:44:20

这个问题我也遇到了...
希望各位老师帮忙解答一下

granvia · 发表于 Post on 2022-5-10 11:04:08

POSCAR中原子位置采用分数坐标并固定不变，只需在新的笛卡尔坐标系下重新定义一下三个晶轴矢量

Simple · 发表于 Post on 2022-5-10 15:54:11

granvia 发表于 2022-5-10 11:04
POSCAR中原子位置采用分数坐标并固定不变，只需在新的笛卡尔坐标系下重新定义一下三个晶轴矢量

老师您好！感谢您的回复，我还想请问一下，对于正交晶系来说可以直接定义晶轴矢量，那对于六方晶系应该怎么操作呢？

granvia · 发表于 Post on 2022-5-12 21:57:48

Simple 发表于 2022-5-10 15:54
老师您好！感谢您的回复，我还想请问一下，对于正交晶系来说可以直接定义晶轴矢量，那对于六方晶系应该怎 ...

把两套直角坐标轴列出来，考察一下旋转矩阵

卡开发发 · 发表于 Post on 2022-5-13 07:06:40

granvia 发表于 2022-5-12 21:57
把两套直角坐标轴列出来，考察一下旋转矩阵

ZH原贴没有旋转，只是简单基矢做了线性组合，你可以建议LZ按照ZH的原贴好好来一次。当然这个做法确实没有普遍意义。

granvia · 发表于 Post on 2022-5-14 14:27:23

卡开发发发表于 2022-5-13 07:06
ZH原贴没有旋转，只是简单基矢做了线性组合，你可以建议LZ按照ZH的原贴好好来一次。当然这个做法确实没有 ...

我的意思就是两套坐标的变换，确实未必是旋转（U变换）。总之是很简单的线性代数问题

卡开发发 · 发表于 Post on 2022-5-14 17:32:09

granvia 发表于 2022-5-14 14:27
我的意思就是两套坐标的变换，确实未必是旋转（U变换）。总之是很简单的线性代数问题

确实。

Simple · 发表于 Post on 2022-5-18 11:30:15

granvia 发表于 2022-5-14 14:27
我的意思就是两套坐标的变换，确实未必是旋转（U变换）。总之是很简单的线性代数问题

感谢老师的回复，您看这样理解对吗？我需要先对六方晶系做一个变换，将其转化成正交晶系，然后固定分数坐标，再在新的笛卡尔坐标系下定义晶轴矢量。

Simple · 发表于 Post on 2022-5-18 11:30:55

卡开发发发表于 2022-5-13 07:06
ZH原贴没有旋转，只是简单基矢做了线性组合，你可以建议LZ按照ZH的原贴好好来一次。当然这个做法确实没有 ...

感谢老师的回复~

hf_hua · 发表于 Post on 2022-8-20 21:05:07

Simple 发表于 2022-5-18 11:30
感谢老师的回复~

UU你好，你这个问题解决了吗？

hf_hua · 发表于 Post on 2022-8-22 10:33:51

granvia 发表于 2022-5-12 21:57
把两套直角坐标轴列出来，考察一下旋转矩阵

您好，如果是畸变的八面体的话，还能直接变换吗？xy平面内的原子键角之间并不是90°，然后z方向的两个原子键也并不是成180°

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