模拟准备时出现错误 No default U-B types

vandenberg

用CGENFF生成了一个分子的top文件，网站产生时没有报错，生成复合物后进入模拟，
执行下述命令时出现下述错误（gmx grompp -f ions.mdp -c solv.gro -p topol.top -o ions.tpr），
附件上传了出错的itp文件，这个分子以前做过模拟没有出错，这次不知道是不是docking的时候
条件设置的太松才造成的。请各位老师指教，该如何纠错？


ERROR 2 [file pa.itp, line 574]:
  No default U-B types
ERROR 3 [file pa.itp, line 576]:
  No default U-B types
ERROR 4 [file pa.itp, line 577]:
  No default U-B types
ERROR 5 [file pa.itp, line 802]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 6 [file pa.itp, line 803]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 7 [file pa.itp, line 804]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 8 [file pa.itp, line 805]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 9 [file pa.itp, line 806]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 10 [file pa.itp, line 810]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 11 [file pa.itp, line 811]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 12 [file pa.itp, line 812]:
  No default Proper Dih. types
ERROR 13 [file pa.itp, line 832]:
  No default Improper Dih. types

sobereva

主top文件内容的问题，该有的字段没有。搞清楚grompp确定模拟实际要用的参数是个什么流程、top文件各个字段都是干嘛的
跟docking毫无直接联系

vandenberg

还是搞不定啊，麻烦老师帮我看看，谢谢

Lacrimosa

vandenberg 发表于 2022-5-9 22:49
还是搞不定啊，麻烦老师帮我看看，谢谢

你的报错信息里其实说的很明确了，例如：
ERROR 2 [file pa.itp, line 574]:
  No default U-B types
说明你的pa.itp里缺少第574行所需的参数。你应该按报错信息检查574中所涉及到的原子之间的U-B参数是否缺失，如果缺失补在相应位置就可以了

zhangyingying

你好，请问你是怎么解决的呀。

18258036115

你可能是itp中有原子命名有修改过，某些原子命名下的键信息在力场中是没有定义的，可能需要在力场的itp补上一些二面角信息，检查下力场文件吧