求助含有噻吩和碳酸铯体系，优化并且计算能垒泛函基组选择

scarat · 发表于 Post on 2022-6-30 16:38:31

老师，算一个含有噻吩和碳酸铯的一个体系，优化并且计算能垒，优化结构的时候选择什么方法和基组比较好，那算单点能呢？
我看了卢老师发的选择泛函和基组的帖子，感觉优化的时候用B3LYP-b3(dj)，6-311g(d,p)。算单点能的时候用m06-2x,def2tzvpp合理吗？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-6-30 16:39:30

这里的碳酸铯是固体、气体还是溶液？溶剂是什么？

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-30 20:24:20

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题“泛函基组选择”改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理

sobereva · 发表于 Post on 2022-6-30 20:28:35

最好把体系结构贴出来，以免别人没法正确猜出你想算的体系状态导致回答不准确
算单点时，CO3部分最好带弥散函数

scarat · 发表于 Post on 2022-7-1 11:50:33

wzkchem5 发表于 2022-6-30 16:39
这里的碳酸铯是固体、气体还是溶液？溶剂是什么？

老师，是气体。无溶剂

scarat · 发表于 Post on 2022-7-1 11:52:25

sobereva 发表于 2022-6-30 20:28
最好把体系结构贴出来，以免别人没法正确猜出你想算的体系状态导致回答不准确
算单点时，CO3部分最好带弥 ...

老师，是噻吩+二氧化碳+碳酸铯=碳酸氢铯+2-噻吩甲酸铯的反应

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-1 14:54:26

scarat 发表于 2022-7-1 04:50
老师，是气体。无溶剂

实验是用的气相碳酸铯团簇是吗？

scarat · 发表于 Post on 2022-7-1 17:04:47

wzkchem5 发表于 2022-7-1 14:54
实验是用的气相碳酸铯团簇是吗？

老师，有一篇文献进行了计算，计算时碳酸铯用的是分子形态而不是您说的团簇。所用的泛函和基组就是我发帖说的，然后给铯用了sdd。我想知道这样选择方法合理吗？因为我想换别的底物进行计算，比如呋喃或者是苯。这三种底物在这种反应路径下选用的方法和基组应该是一样的吧？

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-1 17:23:36

scarat 发表于 2022-7-1 10:04
老师，有一篇文献进行了计算，计算时碳酸铯用的是分子形态而不是您说的团簇。所用的泛函和基组就是我发帖 ...

当且仅当你就是想研究气相过程的时候可以。我为什么要反复强调你是不是关心的气相过程，是因为这个的影响比泛函、基组的影响大得多。你想研究的过程更接近于以下哪个？
（1）在某个溶剂里，或者液态噻吩本体反应，加入Cs2CO3固体，充入CO2气体，密闭体系加热反应；
（2）气态噻吩用CO2载气载带着，在Cs2CO3固体表面加热反应；
（3）把Cs2CO3用激光或者等离子体蒸发成气体，然后送进质谱仪，在极低压下和噻吩蒸汽、CO2反应，用质谱监测产物。
只有当你研究的和（3）最接近时，这样计算才是正确的。但我觉得你大概率关心的是（1）。

zjxitcc · 发表于 Post on 2022-7-1 17:34:22

本帖最后由 zjxitcc 于 2022-7-1 17:35 编辑

wzkchem5 发表于 2022-7-1 17:23
当且仅当你就是想研究气相过程的时候可以。我为什么要反复强调你是不是关心的气相过程，是因为这个的影响 ...

我以前见过大量有机反应机理计算的文献，Cs2CO3都是摆6个原子在那里算

感觉都很离谱，属于“前人都这么算，我也随便搞搞”。而且有时候好几种无机碱，只有Cs2CO3有特殊效果，我觉得这里面缺乏系统性的、有深度的机理研究

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-1 17:44:57

zjxitcc 发表于 2022-7-1 10:34
我以前见过大量有机反应机理计算的文献，Cs2CO3都是摆6个原子在那里算感觉都很离谱，属于“前人都这么 ...

其实如果大家都是这种“前人文章这么算过发表了，那我也能这么算”的态度的话，只要整个领域有一篇文章审稿人没把好关（或者审稿人恰好都是作者的熟人，给了个情面），整个领域就毁了。因为乙会学甲的方法计算，丙看到甲乙都这么算就也这么算，丁看到甲乙丙都这么算也就跟风这么算……结果十年过后，单看用的人数的话，这个计算方法无懈可击，属于成熟的计算方法，其实根本就是瞎算。这时候普通人还没办法发文抨击这种现象，必须得大佬出面发文，而且大佬还得亲自不留情面地把所有用了这个计算方法又送到自己这里审的文章毙掉，但即使这样也只能改变一小部分人，大部分人还是随大流。

scarat · 发表于 Post on 2022-7-1 17:46:39

wzkchem5 发表于 2022-7-1 17:23
当且仅当你就是想研究气相过程的时候可以。我为什么要反复强调你是不是关心的气相过程，是因为这个的影响 ...

老师，是您所罗列的（2）的情况

wzkchem5 · 发表于 Post on 2022-7-1 18:15:52

scarat 发表于 2022-7-1 10:46
老师，是您所罗列的（2）的情况

那固体就不能用单个Cs2CO3分子算，因为显然固体Cs2CO3是由无穷多个Cs+和无穷多个[CO3]2-组成的，虽然计算不可能算无穷多个离子，但是3个离子肯定是太不靠谱了，起码也得十几个离子才算是足够好的近似。

zhu359 · 发表于 Post on 2023-8-7 10:45:18

我目前的情况和这个情况类似，是一种溶液附着在二氧化硅的表面去作为催化剂，然后再灼烧，目前来看是催化剂寿命不行，表观的影响是催化剂表面发黑，也是非常需要解决这个问题，但是电脑的配置有限，算十几个离子的情况恐怕比较难

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