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[GROMACS] Gaff力场模拟,能量最小化后同样的分子一部分分子却炸开了

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本帖最后由 youxx189 于 2022-7-19 08:02 编辑

各位老师好,用garomacs软件模拟,立场是Gaff,装完盒子的时候结构正常,但是在能量最小化后同样的分子中一部分分子却炸开了,请问是什么原因?如果还需要提供什么文件,请告知,非常感谢。



202207190755039289..png (71.45 KB, 下载次数 Times of downloads: 11)

能量最小化的mdp文件

能量最小化的mdp文件

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发表于 Post on 2022-7-19 08:47:13 | 只看该作者 Only view this author
你没有把问题描述清楚,也不太看得清你图中所表达的意思。
但似乎大概率是分子的top有问题。用这个 http://sobereva.com/soft/Sobtop
又菜又爱玩

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发表于 Post on 2022-7-19 14:24:14 | 只看该作者 Only view this author
记住GROMACS、GAFF、“力场”怎么写

明显分子拓扑文件有问题,仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop#FAQ8

带真空区的体系模拟时不要带着EnerPres
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-20 17:34:40 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-7-19 14:24
记住GROMACS、GAFF、“力场”怎么写

明显分子拓扑文件有问题,仔细看http://sobereva.com/soft/Sobtop#F ...

好的  非常感谢老师

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-7-20 17:35:02 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2022-7-19 08:47
你没有把问题描述清楚,也不太看得清你图中所表达的意思。
但似乎大概率是分子的top有问题。用这个 http:/ ...

好的谢谢老师   我认真学习一下

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