怎么使用VMD输出MD轨迹文件中周期化之后的坐标，以及扩胞之后的所有坐标

吞木木 · 发表于 Post on 2022-7-20 10:56:09

各位老师好：
我最近想用VMD处理跑AIMD生成的轨迹文件，里边有好多帧。

跑了一段时间以后原子基本上就会跑出盒子，使用命令pbc wrap之后才会把所有的原子约束显示到盒子里。

我现在想要输出周期化处理之后的原子坐标（就是让所有原子的坐标都显示在盒子中），然后使用tcl脚本把每一帧的坐标都转换一下，现在想请教一下各位老师怎么操作才能实现我想要的功能。

另外我还想对盒子进行扩胞处理后，再输出一次原子的坐标，这个在tcl脚本里用什么命令啊

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-21 18:46:14

如果你是想把每一帧都wrap，用pbc wrap -all
更多信息看http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/pbctools

对一帧结构扩胞得到新结构可以用https://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/topotools/里的replicatemol 命令

吞木木 · 发表于 Post on 2022-7-22 12:42:54

sobereva 发表于 2022-7-21 18:46
如果你是想把每一帧都wrap，用pbc wrap -all
更多信息看http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/pbc ...

好的，好的，谢谢老师，我发现直接用pbc wrap -all 命令后，导出的新的轨迹文件就是转换好的，不用写tcl脚本，是我想多了

qwe1832518773 · 发表于 Post on 2022-7-25 22:46:08

sobereva 发表于 2022-7-21 18:46
如果你是想把每一帧都wrap，用pbc wrap -all
更多信息看http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/plugins/pbc ...

sob老师，这个replicatemol命令怎么用呢？我按照https://sites.google.com/site/akohlmey/software/topotools里的安装步骤解压好了topotools1.7，但是我在控制台输入“replicatemol $mol 2 2 1”还是会报错，提示我“can't read "mol": no such variable”，删去mol单独输入“replicatemol $ 2 2 1”，则报错“invalid command name "replicatemol"”。是我没安装好吗？还是指令输错了呢

sobereva · 发表于 Post on 2022-7-26 06:03:10

qwe1832518773 发表于 2022-7-25 22:46
sob老师，这个replicatemol命令怎么用呢？我按照https://sites.google.com/site/akohlmey/software/topot ...

VMD直接自带，根本不用额外装
$mol要替换成被平移复制的体系的ID号

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