nwchem with mov2asc centos7 打包方便重装

zhanfei

自己的笔记感觉打包成rpm这样方便快速重装软件以及帮别人装软件。
一些发布的rpm包常常不能满足自己需要 比如psi的外部链接部分 比如nwchem不带mov2asc这个重要工具。自己做一个方便些
这里是以nwchem6.6在centos7上为例做的链接：http://pan.baidu.com/s/1hr3S7WC 密码：1gbp
平台centos7

yum install python-devel
yum install mpich-devel.x86_64
因为用了内置数学库只需要上面两个库
在bashrc中设置mpich的环境变量
export PATH=$PATH:/sob/openmpi165/bin
export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/sob/openmpi165/lib
输入bash使环境变量生效。

6.6版本安装
rpm包封装时候
export NWCHEM_TOP=/home/zhanfei/rpmbuild/BUILD/nwchem-6.6

环境变量
export NWCHEM_TOP=/home/zhanfei/nwchem-6.6
export NWCHEM_TARGET=LINUX64
export NWCHEM_MODULES="all python"

export USE_PYTHONCONFIG=y
export PYTHONHOME=/usr
export PYTHONVERSION=2.7
export PYTHONLIBTYPE=so

export USE_MPI=y
export MPI_LIB=/usr/lib64/mpich/lib
export MPI_INCLUDE=/usr/include/mpich-x86_64
export LIBMPI="-lmpichf90 -Wl,-rpath -Wl,/usr/lib64/mpich/lib -lmpich -lopa -lmpl -lrt -lpthread"

export USE_INTERNALBLAS=y
export USE_SCALAPACK=n

cd ${NWCHEM_TOP}/src
make nwchem_config NWCHEM_MODULES="all python"
time make -j >& 1log
编译工具mov2asc的常见错误
MA error: MA_init: invalid datatype: 7089068599809147893
Unable to initialize memory        999
export FC=mpif90
#引入编译器设置
makefile中修改 linux64if部分去掉 直接FFLAGS = -fdefault-integer-8
传递的是mpif90 脚本不会修改选项不用-i8 看脚本当传入gfortran选项不同不是-i8 而是 -fdefault-integer-8
使用配置
设置数据库
src/basis/libraries
src/data            
src/nwpw/libraryps
在安装文件夹下建立子文件夹data 在下面建立配置文件(可忽略)
主要要在用户根目录如/home/zhanfei 下建立.nwchemrc文件（同大多数linux软件的配置文件）
内容见手册
或者设置基组环境变量NWCHEM_BASIS_LIBRARY和PAW赝势环境变量NWCHEM_NWPW_LIBRARY
编译难点
6.5版本的nwchem内置ga库comex库armci库等问题 见手册最后网络拓扑和global array部分
编译注意
如果只是最后编译nwchem出问题可以make link 只做链接一步
NWCHEM_TOP目录设置不对（= =不小心打错了） 经常有
make nwchem_config NWCHEM_MODULES="all python"
*** No rule to make target `nwchem_config'.  Stop.
ga库的系统设置在common库中
rpm -ql  ga-common.noarch
/etc/sysctl.d/armci.conf

mpif90 -show 看编译选项
gfortran -m64 -O2 -g -pipe -Wall -Wp,-D_FORTIFY_SOURCE=2 -fexceptions -fstack-protector-strong --param=ssp-buffer-size=4 -grecord-gcc-switches -m64 -mtune=generic -fPIC -Wl,-z,noexecstack
-I/usr/include/mpich-x86_64 -I/usr/include/mpich-x86_64
-L/usr/lib64/mpich/lib
-lmpichf90 -Wl,-rpath -Wl,/usr/lib64/mpich/lib -lmpich -lopa -lmpl -lrt -lpthread
看python位置
rpm -ql python-devel-2.7.5-34.el7.x86_64
/usr/lib64/libpython2.7.so
/usr/lib64/python2.7/config/libpython2.7.so

rpm打包
错误之一 文件夹不能改名比如一旦改了nwchem-1.0 脚本会使用nwchem-1.0-6.6 搜索文件
Executing(%prep): /bin/sh -e /var/tmp/rpm-tmp.BnFFs8
+ umask 022
+ cd /home/zhanfei/rpmbuild/BUILD
+ cd /home/zhanfei/rpmbuild/BUILD
+ rm -rf Nwchem-6.6
+ /usr/bin/gzip -dc /home/zhanfei/rpmbuild/SOURCES/Nwchem-6.6.tar.gz
+ /usr/bin/tar -xf -
+ STATUS=0
+ '[' 0 -ne 0 ']'
+ cd Nwchem-6.6
/var/tmp/rpm-tmp.BnFFs8: line 35: cd: Nwchem-6.6: No such file or directory
error: Bad exit status from /var/tmp/rpm-tmp.BnFFs8 (%prep)
错误保证包解压出来和tar文件名称相同
Name

zhanfei

rpm之后传个链接11m正好大了一点