GROMACS2022.2-GPU安装过程中CMake Error 系统Ubuntu22.04

zjq0717

系统版本 Ubuntu 22.04 cmake 3.22.1

gcc/g++ 11.2.0
NVIDIA-SMI 510.85.02    Driver Version: 510.85.02    CUDA Version: 11.6
(ps: 用 nvcc --version 显示的版本是11.5 但根据网上的帖子，好像应该问题不大，个人也不太确定）


安装步骤是按照https://manual.gromacs.org下的install-guide
tar xfz gromacs-2022.2.tar.gz
cd gromacs-2022.2
mkdir build
cd build
cmake .. -DGMX_BUILD_OWN_FFTW=ON -DREGRESSIONTEST_DOWNLOAD=ON
make
make check
sudo make install
source /usr/local/gromacs/bin/GMXRC


过程：
最初可能是因为有多个gcc，一直在cmake后报错，
删除后用sudo apt-get build-essential并指定 —DCMAKE_C_COMPILER 和 —DCMAKE_CXX_COMPILER后
(另按官网添加 —DGMX_GPU=CUDA）
cmake运行没有报错，
但是make过程报错
[ 25%] Built target modularsimulator
[ 25%] Building CXX object
src/gromacs/selection/CMakeFiles/scanner.dir/parser.cpp.o
[ 25%] Building CXX object
src/gromacs/selection/CMakeFiles/scanner.dir/scanner.cpp.o
[ 25%] Built target scanner
[ 27%] Generating baseversion-gen.cpp
[ 27%] Building NVCC (Device) object
src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/domdec/libgromacs_generated_gpuhaloexchange_impl.cu.o
/usr/include/c++/11/bits/std_function.h:435:145: error: parameter
packs not expanded with ‘...’:
  435 |         function(_Functor&& __f)
      |

          ^
/usr/include/c++/11/bits/std_function.h:435:145: note:         ‘_ArgTypes’
/usr/include/c++/11/bits/std_function.h:530:146: error: parameter
packs not expanded with ‘...’:
  530 |         operator=(_Functor&& __f)
      |

           ^
/usr/include/c++/11/bits/std_function.h:530:146: note:         ‘_ArgTypes’
CMake Error at libgromacs_generated_gpuhaloexchange_impl.cu.o.Release.cmake:280
(message):
  Error generating file
  /home/fbsb2/apps/GMX/2022.2/gromacs-2022.2/build_gpu/src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/domdec/./libgromacs_generated_gpuhaloexchange_impl.cu.o


make[2]: *** [src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/build.make:133:
src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/domdec/libgromacs_generated_gpuhaloexchange_impl.cu.o]
Error 1
make[1]: *** [CMakeFiles/Makefile2:4697:
src/gromacs/CMakeFiles/libgromacs.dir/all] Error 2
make: *** [Makefile:166: all] Error 2


求各位老师解答，谢谢。

sobereva

参考
GROMACS的安装方法（含全程视频演示）
http://sobereva.com/457（http://bbs.keinsci.com/thread-11821-1-1.html）

mahoushoujo

相同的问题 nvcc是通过apt install安装的；把这个11.5卸载，自己手动安装一个就可以了

zjq0717

mahoushoujo 发表于 2022-10-5 03:38
相同的问题 nvcc是通过apt install安装的；把这个11.5卸载，自己手动安装一个就可以了

感谢回复，我最后是通过降Gromacs版本, 重装gcc解决的，新的2022.3还没有试