求助：求适用于OPLS-AA力场的Zn2+力场参数

zquan · 发表于 Post on 2022-8-25 16:41:50

求助各位大佬，我做的体系是不同的Zn有机盐在水中的溶剂化效应，看到大部分参考文献都是用OPLS力场，但是OPLS没有自带的Zn离子参数，文献里面的Zn参数很多，但不知道是否适合OPLS力场，有没有大佬做过这个方向的，感谢！！！

牧生 · 发表于 Post on 2022-8-25 16:57:34

本帖最后由牧生于 2022-8-25 17:03 编辑

我以前也老想用OPLS力场，现在发现amber+GAFF非常好用，比OPLS更广更好用。

搜一下这篇文献，有二价锌的参数：Rational Design of Particle Mesh Ewald Compatible Lennard-Jones Parameters for +2 Metal Cations in Explicit Solvent

或者，直接用UFF力场的参数也行（在sobtop里面就带的有，直接抄作业就行）
[ atomtypes ]
; name at.num mass charge ptype sigma (nm) epsilon (kJ/mol)
UF_Zn 30 65.377783 0.000000 A 2.461553E-01 5.188160E-01

zquan · 发表于 Post on 2022-8-25 17:04:01

牧生发表于 2022-8-25 16:57
我以前也老想用OPLS力场，现在发现amber+GAFF非常好用，比OPLS更广更好用。

搜一下这篇文献，有二价锌的 ...

感谢大佬

xishaofan · 发表于 Post on 前天 16:07

牧生发表于 2022-8-25 16:57
我以前也老想用OPLS力场，现在发现amber+GAFF非常好用，比OPLS更广更好用。

搜一下这篇文献，有二价锌的 ...

牧生老师，请问你跑关于表面活性剂的模拟时，小分子用gaff力场，水和离子选用amber的哪儿个力场呀

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[GROMACS] 求助：求适用于OPLS-AA力场的Zn2+力场参数