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本帖最后由 LBH0532 于 2022-9-10 15:27 编辑
如题，我们对一种能对细胞施加力刺激的聚合物分子（PNIPAM）进行了gromacs拉伸实验，模拟的分子链长度约为细胞实验用到的分子聚合度的1/10，即模拟了20/30/40聚合度分子受刺激后蜷缩，拉回原状的所需拉力。目前将聚合物分子一端固定在z=0，xy平面之中央。在此情况下，盒子大小为10*10*20，当中需要19万水和聚合物的原子来填充
审稿人意见为：The length of the actuator used for simulation was much less than that synthesized for cell experiments. Was it because time cost consideration? How long will it take the authors to conduct the simulation by using the length comparable to that used for cell experiments?
如果换成200聚合度的分子，首先z轴长度需要×10，因为聚合物的相变不可能是从螺旋塌缩成球不发生xy轴的变化，也需要相应增长...原子数得提升至少百倍...大部分文章也只做了库恩链长左右大小的模拟Eur. Phys. J. Special Topics 227, 1547-1558 (2019)
我该如何回复审稿人的意见，实验组的师姐急着毕业
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发表于 Post on 2022-9-10 15:17:07
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