如何确定模拟盒子大小？

bingzan

各位老师好，请问怎么确认模拟盒子大小？1. 我查到要“满足模拟的分子和自身镜像没有相互作用”，请问怎么判断与自身镜像有没有相互作用？另外怎么知道体系自身有多大？
2. 建好盒子后，在vmd中打开该pdb，把periodic图像显示出来，有些部分会重叠，请问这说明什么？是否说明盒子太小了？
3. 比如我的体系（一条多肽竖直着处于膜上方，不插入）system_no_water_no_ion.pdb中，xyz三个方向的尺寸是否够小呢？ xy参数是在charmgui组合体系的时候得到的，可以改变z。 z越小加的水越少，就能节省算力。请问这个z除了要满足条件1（模拟的分子和自身镜像没有相互作用）外，还有什么限制吗？z是越小越好吗？会不会发生由于水加的太少，或者由于盒子太小，而导致一些人为的效应呢？
4.加离子后能量最小化，会顺利得到最小化的gro文件，但是log文件中写到力没有收敛，原文如下，请问是为什么？会是因为z尺寸的调整吗？
Energy minimization has stopped, but the forces have not converged to the requested precision Fmax < 0 (which may not be possible for your system). It stopped because the algorithm tried to make a new step whose size was too small, or there was no change in the energy since last step. Either way, we regard the minimization as converged to within the available machine precision, given your starting configuration and EM parameters.
Double precision normally gives you higher accuracy, but this is often not needed for preparing to run molecular dynamics.
You might need to increase your constraint accuracy, or turn off constraints altogether (set constraints = none in mdp file) writing lowest energy coordinates.

Steepest Descents converged to machine precision in 6631 steps,
but did not reach the requested Fmax < 0.
Potential Energy  = -5.1247855e+04
Maximum force     =  1.4161934e+02 on atom 1439
Norm of force     =  1.6770934e+01

*附件：
1.加完水和离子后能量最小化：em.mdp2.问题2，将system_no_water_no_ion.pdb在vmd中打开，显示periodic
3.最初组建的体系：system_no_water_no_ion.pdb
4.由system_no_water_no_ion.pdb加水得到system_water_no_ion.pdb
5.再由system_water_no_ion.pdb得到system_water_ion.pdb6.问题4

牧生

傻瓜建议，直接建立一个足够大的盒子，放入想要数量的分子和水分子，然后NPT预平衡一下，就自然到了该温度和压力条件下的合理的盒子大小，岂不是美滋滋。

bingzan

牧生 发表于 2022-9-11 17:04
傻瓜建议，直接建立一个足够大的盒子，放入想要数量的分子和水分子，然后NPT预平衡一下，就自然到了该温度 ...

谢谢！我之前这么试过，pdb中用了25，25，84，跑完一段NPT平衡后，发现这仨参数没变。 请问这个是说明什么？

sobereva

bingzan 发表于 2022-9-11 17:09
谢谢！我之前这么试过，pdb中用了25，25，84，跑完一段NPT平衡后，发现这仨参数没变。 请问这个是说明什 ...

精确没变说明根本就没设对控压（不要只保留整数）
用控压时，gmx energy能从edr文件中提取盒子尺寸随模拟时间的变化，什么情况一看便知

bingzan

sobereva 发表于 2022-9-12 15:42
精确没变说明根本就没设对控压（不要只保留整数）
用控压时，gmx energy能从edr文件中提取盒子尺寸随模 ...

是的，我后来发现误用了pcoupl=no。 谢谢！