求助：在哪里可以找到已经平衡好的溶剂盒子，用packmol构建盒子出现问题

Frozen-Penguin

哇卡卡卡卡卡 发表于 2022-10-22 10:17
老师，您好，我按照您说的，重新加载了单个溶剂分子的lib文件，和多个分子的pdb文件但是一直出现警告和报 ...

需要先载入单个溶剂分子的力场参数，在产生单个溶剂分子的参数时可以将其保存为.lib文件，然后需要载入的时候用loadoff ...lib载入

哇卡卡卡卡卡

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-22 18:54
需要先载入单个溶剂分子的力场参数，在产生单个溶剂分子的参数时可以将其保存为.lib文件，然后需要载入的 ...

谢谢老师，我刚刚试成功了

yolo-bike

哇卡卡卡卡卡 发表于 2022-10-22 10:17
老师，您好，我按照您说的，重新加载了单个溶剂分子的lib文件，和多个分子的pdb文件但是一直出现警告和报 ...

你好，请问一下我是用packmol生成的盒子，装的是azurin天青蛋白、水和NaCl，在进行模拟的时候出现错误：unknown residue type MOL，请问如何处理？