求助：在哪里可以找到已经平衡好的溶剂盒子，用packmol构建盒子出现问题

哇卡卡卡卡卡

1、想问一下，在哪里可以找到已经平衡好的溶剂盒子，有没有什么相关网站，想找预平衡好的二氯甲烷盒子，求分享
2、用pacmol构建溶剂盒子，生成pdb文件无法转成mol2文件

含光君

用Packmol或者gmx里的solvate命令自己生成一个再做个能量极小化呀

哇卡卡卡卡卡

含光君 发表于 2022-9-28 20:34
用Packmol或者gmx里的solvate命令自己生成一个再做个能量极小化呀

本来想先网上找找看有没有预平衡好的盒子，找不到就只能自己构建一个溶剂盒子再拿去平衡一下了，谢谢哟

含光君

哇卡卡卡卡卡 发表于 2022-9-28 21:55
本来想先网上找找看有没有预平衡好的盒子，找不到就只能自己构建一个溶剂盒子再拿去平衡一下了，谢谢哟

哈哈哈不客气，自己整不费事的

哇卡卡卡卡卡

含光君 发表于 2022-9-28 22:16
哈哈哈不客气，自己整不费事的

你好，我遇到了一个问题，就是构建完盒子，生成的pdb文件，然后利用antechamber -i DCM-box1.pdb -fi pdb -o DCM-box1.mol2 -fo mol2 -c bcc -s 0，一直出现错误：
This molecule may have more than one unit.
       antechamber can only handle one unit.  If the input is a single unit
       then the connectivity is wrong and the geometry may be bad.
       Please convert your molecule to a mol2 file via:
       antechamber -j 5 -at sybyl -dr no
       And then check your molecule with a visualization program;
       manually add missing bonds or delete unwanted bonds as appropriate.
这个应该怎么解决？

牧生

读一下这一段

This molecule may have more than one unit.
       antechamber can only handle one unit.

哇卡卡卡卡卡

牧生 发表于 2022-9-30 21:05
读一下这一段

This molecule may have more than one unit.

可是我就是多个二氯甲烷分子组合的溶剂盒子，怎么把它设置成一个单元呢

wuyufei

virtualchemistry.org
没学会咋用

牧生

哇卡卡卡卡卡 发表于 2022-9-30 21:14
可是我就是多个二氯甲烷分子组合的溶剂盒子，怎么把它设置成一个单元呢

GV画一个溶剂的分子，然后用sobtop生成top文件，然后建立含有多个溶剂分子的盒子，并适当建立.top文件，数量就填写溶剂分子的数量，进行能量最小化，跑一下npt就成了。

哇卡卡卡卡卡

牧生 发表于 2022-10-1 07:47
GV画一个溶剂的分子，然后用sobtop生成top文件，然后建立含有多个溶剂分子的盒子，并适当建立.top文件， ...

我去查了资料，您说的这个我没接触过，我想请教一下，能不能就直接用amber的基本流程操作下来生成最终平衡好的盒子呢，这个错误：This molecule may have more than one unit.可以通过改pdb文件或者结构还是其他的操作，让它是one unit呢

Frozen-Penguin

哇卡卡卡卡卡 发表于 2022-10-1 10:49
我去查了资料，您说的这个我没接触过，我想请教一下，能不能就直接用amber的基本流程操作下来生成最终平 ...

amber的流程也差不多，先产生单个溶剂分子的mol2文件，然后用antechamber得到含有电荷信息的mol2文件，加载进tleap然后保存.lib文件，然后在tleap里面载入gaff力场以及lib和多个溶剂的pdb文件就可以模拟溶剂体系了

哇卡卡卡卡卡

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-1 22:35
amber的流程也差不多，先产生单个溶剂分子的mol2文件，然后用antechamber得到含有电荷信息的mol2文件，加 ...

好的好的，谢谢指导

含光君

用VMD转格式

哇卡卡卡卡卡

含光君 发表于 2022-10-2 20:57
用VMD转格式

老师，您好！您说的用VMD转格式，是转成data文件，还是什么，老师，您可以说的具体一点嘛，运行的时候溶剂盒子pdb文件一直说是more than one unit

哇卡卡卡卡卡

Frozen-Penguin 发表于 2022-10-1 22:35
amber的流程也差不多，先产生单个溶剂分子的mol2文件，然后用antechamber得到含有电荷信息的mol2文件，加 ...

老师，您好，我按照您说的，重新加载了单个溶剂分子的lib文件，和多个分子的pdb文件但是一直出现警告和报错，老师，我大概了解到是pdb文件有误，多个溶剂分子的pdb文件是多个unit，在这一步骤中有什么小细节需要注意的嘛，希望老师看到有空可以指导我一下，感谢老师！
/public/software/apps/amber20/bin/teLeap: Warning!
Unknown residue: MOL   number: 1   type: Terminal/last
..relaxing end constraints to try for a dbase match

FATAL: Atom .R<MOL 1>.A<C1 1> does not have a type.以下是pdb文件部分内容，老师，不知道为什么报错说特定残基中的C1,H1,H2...等不能被识别，pdb文件内容是符合标准的pdb文件格式的
TER
HETATM    1   C1 MOL     1      10.324   7.553  11.629                       C  
HETATM    2   H1 MOL     1       9.240   7.501  11.709                       H   
HETATM    3   H2 MOL     1      10.732   6.718  11.064                       H  
HETATM    4  Cl1 MOL     1      10.747   9.070  10.766                      Cl   
HETATM    5  Cl2 MOL     1      11.008   7.490  13.288                      Cl  
TER
HETATM    6   C1 MOL     2       2.646   7.144   4.891                       C  
HETATM    7   H1 MOL     2       3.034   7.439   3.919                       H   
HETATM    8   H2 MOL     2       3.169   7.638   5.707                       H  
HETATM    9  Cl1 MOL     2       0.916   7.621   4.968                      Cl   
HETATM   10  Cl2 MOL     2       2.880   5.372   5.071                      Cl  
TER
HETATM   11   C1 MOL     3       8.704   9.716  13.999                       C  
HETATM   12   H1 MOL     3       8.394   9.415  13.000                       H   
HETATM   13   H2 MOL     3       7.970  10.359  14.478                       H  
HETATM   14  Cl1 MOL     3       8.884   8.233  14.997                      Cl   
HETATM   15  Cl2 MOL     3      10.239  10.637  13.851                      Cl