VASP达到收敛标准，但计算仍在继续

卡开发发

含光君 发表于 2022-9-29 10:06
谢谢发发老师~

没有，我一开始也记错了，后来看你那层提示去翻了一下源码确定了一下。

种花家的蓝兔

wsz 发表于 2022-9-29 13:00
vasp的收敛标准就是看所有非固定原子中受力最大的原子的受力，三个方向的模长
之前写过一个脚本，对于没有 ...

好的好的，非常感谢您，感谢您的回复

种花家的蓝兔

wsz 发表于 2022-9-29 13:00
vasp的收敛标准就是看所有非固定原子中受力最大的原子的受力，三个方向的模长
之前写过一个脚本，对于没有 ...

卡开发发

固定的信息可能需要通过CONCAR或者通过vasprun.xml获得，但是vasprun.xml只能在计算结束时才会写入。固定的原子在固定的分量置零就行了。
做法也有两种：
1、完全使用原生python，我就用了math和re两个模块。

1. import re
   
2. import math
   
3. 
   
4. class Data:
   
5.         def __init__(self):
   
6.                 self.natms=0
   
7.                 self.constr=[]
   
8.                 self.forces=[]
   
9.         def get_poscar_info(self):
   
10.                 """
    
11.                 vasp5 POSCAR format
    
12.                 """
    
13.                 with open('POSCAR') as f:
    
14.                         data=f.read().lower()
    
15.                         data=data.replace('t','1')
    
16.                         data=data.replace('f','0')
    
17.                         data=data.split('\n')
    
18.                         self.natms=sum(int(d) for d in data[6].split())
    
19.                         if data[7].strip()=='s':
    
20.                                 self.constr=[[int(d) for d in line.split()[3:6]]
    
21.                                                 for line in data[9:9+self.natms]]
    
22.                         else:
    
23.                                 self.constr=[[1 for i in range(3)] for j in range(self.natms)]
    
24.         def get_outcar_info(self):
    
25.                 with open('OUTCAR') as f:
    
26.                         data=f.read()
    
27.                         parttern='TOTAL-FORCE \(eV/Angst\)\n'
    
28.                         parttern+='\s+--+\n(.*?)\n'
    
29.                         parttern+='\s+--+\n'
    
30.                         data=re.findall(parttern,data,re.S)
    
31.                         self.forces=[[[float(d) for d in line.split()[3:6]]
    
32.                                         for line in lines.split('\n')] for lines in data]
    
33.         def get_forces(self):
    
34.                 self.get_poscar_info()
    
35.                 self.get_outcar_info()
    
36.                 norm=lambda x:math.sqrt(x[0]**2+x[1]**2+x[2]**2)
    
37.                 for s,force in enumerate(self.forces):
    
38.                         max_force=max([norm([force[i][j]*self.constr[i][j] for j in range(3)])
    
39.                                         for i in range(self.natms)])
    
40.                         print('% 4d %12.6f'%(s+1,max_force))
    

复制代码

2、完全使用生态，如ase和numpy

1. from  ase import io
   
2. import numpy as np
   
3. 
   
4. poscar=io.read('POSCAR')
   
5. outcar=list(io.iread('OUTCAR'))
   
6. for s,image in enumerate(outcar):
   
7.         image.set_constraint(poscar.constraints)
   
8.         forces=image.get_forces()
   
9.         max_force=np.max(np.linalg.norm(forces,axis=1))
   
10.         print('% 4d %12.6f'%(s+1,max_force))

复制代码