计算化学公社

 找回密码 Forget password
 注册 Register
Views: 1813|回复 Reply: 2
打印 Print 上一主题 Last thread 下一主题 Next thread

[Molclus] 求助用动力学还是genmer筛选的问题

[复制链接 Copy URL]

146

帖子

0

威望

1599

eV
积分
1745

Level 5 (御坂)

文献中做了单乙醇胺:咪唑=2;1的构型搜索,用了几百个分子跑了常温常压50ns动力学,然后找出其中2;1结合的构型,再用gaussian优化得到了如下
我是用社长的genmer搜索的,弄了2000个构型,然后逐步筛选最后得到了这个,还比文献多一个氢键
现在想请教一下各位老师①实验条件下不会只有单纯的三个分子相互作用,文献中使用动力学得出的构型周围还有其他分子的影响,所以可信度是不是比genmer的到的构型可信度更高。
②我弄出来的这个构型有没有啥毛病
③对于这种简单分子,跑动力学筛和genmer筛该如何取舍

202210250957591046..png (32.88 KB, 下载次数 Times of downloads: 7)

202210250957591046..png

202210251001263090..jpg (871.69 KB, 下载次数 Times of downloads: 5)

202210251001263090..jpg
由衷感谢每位帮助我的好心人

6万

帖子

99

威望

6万

eV
积分
125262

管理员

公社社长

2#
发表于 Post on 2022-10-26 15:51:53 | 只看该作者 Only view this author
你先明确你到底要研究什么
诸如你就是要研究气相中两个单乙醇胺和一个咪唑的三聚体结构,显然genmer是最方便的,完全没必要麻烦地跑动力学
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
欢迎加入北京科音微信公众号获取北京科音培训的最新消息,并避免错过网上有价值的计算化学文章!
欢迎加入人气极高、专业性特别强的理论与计算化学综合交流群思想家公社QQ群(群号见此链接),合计达一万多人。北京科音培训班的学员在群中可申请VIP头衔,提问将得到群主Sobereva的最优先解答。
思想家公社的门口Blog:http://sobereva.com(发布大量原创计算化学相关博文)
Multiwfn主页:http://sobereva.com/multiwfn(十分强大、极为流行的量子化学波函数分析程序)
Google Scholar:https://scholar.google.com/citations?user=tiKE0qkAAAAJ
ResearchGate:https://www.researchgate.net/profile/Tian_Lu

146

帖子

0

威望

1599

eV
积分
1745

Level 5 (御坂)

3#
 楼主 Author| 发表于 Post on 2022-10-26 21:03:00 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2022-10-26 15:51
你先明确你到底要研究什么
诸如你就是要研究气相中两个单乙醇胺和一个咪唑的三聚体结构,显然genmer是最方 ...

就是气相下的,这两个可以形成低共融物,实验室也做了一个低共融物出来,看文献基本都是用动力学的方法跑的,但是又觉得genmer方便很多,所以才有此几问
由衷感谢每位帮助我的好心人

本版积分规则 Credits rule

手机版 Mobile version|北京科音自然科学研究中心 Beijing Kein Research Center for Natural Sciences|京公网安备 11010502035419号|计算化学公社 — 北京科音旗下高水平计算化学交流论坛 ( 京ICP备14038949号-1 )|网站地图

GMT+8, 2026-3-1 03:34 , Processed in 0.159571 second(s), 23 queries , Gzip On.

快速回复 返回顶部 返回列表 Return to list