求助:packmol生成的pdb文件残基修改有没有简易办法

WuQs · 发表于 Post on 2022-12-7 16:52:57

本帖最后由 WuQs 于 2022-12-7 16:54 编辑

想使用packmol建立4mol 的KCL水溶液（因为genion不行），然后先用了个小体系试一下

pdb文件结果：

然后直接用pdb2gmx 生成文件，报错MOL找不到，然后把K的残基改成K，cl的残基改成CL,原本把水的残基改成SOL，但是又报错"SO"类型找不到，我大改了一下，如下图所示

虽然这样pdb2gmx不报错了，但是从VMD里看到已经被我搞的面目全非了；最后我放弃在里面加水了，选择只加离子，然后用solvate去加水，这样反而很轻松就完成了。
我搜索了一下好像大家没有我这种烦恼，感觉好像是我哪里搞错了，但是身边没有人可以交流一下；想问一下大家的生成文件有没有这个残基不对那个残基不对，还要对齐各列的问题，感觉这样生成反而构建盒子更复杂了。

rpestana94 · 发表于 Post on 2022-12-7 17:02:14

I think the problem can be the initial pdb you are using, try using

gmx editconf -f kcl.pdb -box 5 5 5 -o kcl.gro

and check

casea · 发表于 Post on 2022-12-7 17:51:06

第一步，K.pdb、CL.pdb、H2O.pdb应该先改称你使用力场的残基名和原子名，然后再使用packmol进行建模

WuQs · 发表于 Post on 2022-12-7 20:37:57

rpestana94 发表于 2022-12-7 17:02
I think the problem can be the initial pdb you are using, try using

gmx editconf -f kcl.pdb -box ...

thanks !!

WuQs · 发表于 Post on 2022-12-7 20:38:30

casea 发表于 2022-12-7 17:51
第一步，K.pdb、CL.pdb、H2O.pdb应该先改称你使用力场的残基名和原子名，然后再使用packmol进行建模

果然是我蠢了

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