审稿人建议提高到一个对我来说计算资源无法实现的精度（W1），如何进行解释

Melvin · 发表于 Post on 2023-2-7 17:35:28

本帖最后由 Melvin 于 2023-3-3 11:00 编辑

审稿人认为我研究的体系比较小，意见说“作者可以非常迅速地用W1方法而不是CBS-QB3”。
我工作里能量和后续的动力学计算已经使用CCSD(T)/cc-pVQZ这个级别了，CBS-QB3也只是用来作为一个比较。
势能面里有几十个鞍点，大概试了下W1发现我这小破服务器真的够呛，而且用CCSD(T)/cc-pVQZ已经没啥问题了吧，感觉再补W1真的有必要吗？

想请教各位老师如何合理婉拒审稿人的这种意见而不会导致拒稿，或者可否退而求其次用CBS-APNO我给他算一下

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-7 17:58:08

大致做这么几件事就差不多了：（1）引文献给出W1和CBS-QB3的平均精度如何；（2）说明CBS-QB3的精度已经足够说明你的结论了，例如假如CBS-QB3算你这种反应的平均误差是1kcal/mol，但你所有需要比较快慢的反应，活化自由能差别都在2kcal/mol以上，那还是有一定说服力的；（3）从这篇文章里挑一个你勉强能用W1算动的体系，用W1算一下，说一下用了多少机时和多少内存，表明确实需要很多计算资源。

ByTheWay · 发表于 Post on 2023-2-7 17:58:55

或许可以用W1算一个基元反应的速率？然后和你文章里面的数据比较一下，认为误差足够小就可以了

Mikasa · 发表于 Post on 2023-2-7 18:02:23

如果必须补的话，可以试试W2X或者W3X-L，或者WMS，这几个精度都挺高，计算量应该比W1小
10.1021/acs.jctc.5b00135
10.1039/C8CP04973D

sobereva · 发表于 Post on 2023-2-7 19:11:22

既然算得动CCSD(T)/cc-pVQZ，当初就不应该用CBS-QB3，精度比不是很贵的G4(MP2)都有不小差距，见J. Chem. Phys., 154, 044113 (2021)
另外，W1算不动也可以用略逊一点的G4，或者和W1精度基本不变而更便宜的W1-F12或W1X-1。CBS-APNO比较过时了

Melvin · 发表于 Post on 2023-2-7 20:27:27

wzkchem5 发表于 2023-2-7 17:58
大致做这么几件事就差不多了：（1）引文献给出W1和CBS-QB3的平均精度如何；（2）说明CBS-QB3的精度已经足够 ...

学到了，谢谢王老师

Melvin · 发表于 Post on 2023-2-7 20:28:11

ByTheWay 发表于 2023-2-7 17:58
或许可以用W1算一个基元反应的速率？然后和你文章里面的数据比较一下，认为误差足够小就可以了

谢谢~

Melvin · 发表于 Post on 2023-2-7 20:28:33

Mikasa 发表于 2023-2-7 18:02
如果必须补的话，可以试试W2X或者W3X-L，或者WMS，这几个精度都挺高，计算量应该比W1小
10.1021/acs.jctc. ...

谢谢老师，我去试试

Melvin · 发表于 Post on 2023-2-7 20:46:56

sobereva 发表于 2023-2-7 19:11
既然算得动CCSD(T)/cc-pVQZ，当初就不应该用CBS-QB3，精度比不是很贵的G4(MP2)都有不小差距，见J. Chem. Ph ...

谢谢Sob老师的解答。确实，看了您发的这篇文献还有几篇Benchmark发现G4比CBS-APNO要好

dnlx · 发表于 Post on 2023-2-11 08:49:02

借地请教个相关问题，我在计算C6H13自由基beta断裂，用DLPNO-CCSD(T)-F12/D CC-pVTZ-F12 CC-pVTZ-F12-CABS CC-pVQZ/C TightPNO TightSCF，四核笔记本 maxcore 3000跑了四个半小时。如果用CCSD(T)-F12/RI cc-pVDZ-F12 cc-pVDZ-F12-CABS cc-pVTZ/C tightSCF能不能跑得动？如果跑得动，是不是我就应该直接用CCSD(T)-F12，而不是DLPNO-CCSD(T)-F12?

scf · 发表于 Post on 2023-2-11 12:32:15

不用笔记本跑吧，能找到更好的计算资源吧

dnlx · 发表于 Post on 2023-2-11 21:30:41

scf 发表于 2023-2-11 12:32
不用笔记本跑吧，能找到更好的计算资源吧

学校有超算，但是目前没必要用，因为都是小体系地质条件下的同位素分馏，高精度单点本来就没必要，但是无奈最擅长的审稿意见可能就是要求提高精度。我算的一组反应，上面DLPNO-CCSD(T)得到的电子能垒，跟本来用的w97BM-V差不到1 kcal/mol，前者还低些。

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-2-11 23:00:17

dnlx 发表于 2023-2-11 01:49
借地请教个相关问题，我在计算C6H13自由基beta断裂，用DLPNO-CCSD(T)-F12/D CC-pVTZ-F12 CC-pVTZ-F12-CABS ...

我觉得有可能可以。此外，不好说cc-pVDZ-F12的基组误差和TightPNO的截断误差哪个大，也不好说这两者和构象平均、非谐性效应等等的影响哪个大

dnlx · 发表于 Post on 2023-2-11 23:29:34

本帖最后由 dnlx 于 2023-2-12 01:38 编辑

wzkchem5 发表于 2023-2-11 23:00
我觉得有可能可以。此外，不好说cc-pVDZ-F12的基组误差和TightPNO的截断误差哪个大，也不好说这两者和构 ...

谢谢，但是不打算换到CCSD(T)了。刚查到文献支持DLPNO，是Neese他们自己的：
https://pubs.acs.org/doi/full/10.1021/acs.jpca.9b05734
另外关于DLPNO-CCSD(T)-F12：
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/abs/10.1002/jcc.26892

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