粒子数不变的前提下，盒子大小会显著影响计算速度，这是为什么呢？

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2023-3-23 10:28:47

如题。
各位大佬，发现设置不同大小的盒子，粒子数不变的前提下，盒子大小会显著影响计算速度，这是为什么呢？？？

fhh2626 · 发表于 Post on 2023-3-23 11:03:43

如果盒子设得太小，由于存在周期性边界条件，会导致体系内原子重叠，这样相同的Cutoff内就会存在更多的原子，需要的计算量会增大

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2023-3-23 11:12:07

fhh2626 发表于 2023-3-23 11:03
如果盒子设得太小，由于存在周期性边界条件，会导致体系内原子重叠，这样相同的Cutoff内就会存在更多的原子 ...

盒子增大呢？

fhh2626 · 发表于 Post on 2023-3-23 11:42:43

社会主义小战士发表于 2023-3-23 11:12
盒子增大呢？

盒子增大按说不应该有太大的区别，除非气化了

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-23 19:11:50

说清楚具体用的静电作用的计算方式
如果是PME，盒子越大用的傅里叶变换格点数也会越多，耗时自然会越高

提问时候标题里别连着写多个问号，这次给你改了，以后注意

社会主义小战士 · 发表于 Post on 2023-3-23 20:03:39

sobereva 发表于 2023-3-23 19:11
说清楚具体用的静电作用的计算方式
如果是PME，盒子越大用的傅里叶变换格点数也会越多，耗时自然会越高

...

谢谢社长！

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[GROMACS] 粒子数不变的前提下，盒子大小会显著影响计算速度，这是为什么呢？