求助mol2输入文件@<TRIPOS>BOND如何设置

liurui

首先 89和100指的是什么呢？
其次@<TRIPOS>BOND这个指的是什么呢？该如何得到这个键连接关系呢？为什么还有Ar呢？
# Title Card Required
# Created by GaussView 6.0.16
#

#
#

@<TRIPOS>MOLECULE
Molecule Name
89 100
SMALL
NO_CHARGES


@<TRIPOS>ATOM
1 C1    -0.0000     0.0000     7.9101 C
2 C2    -0.8554    -0.8554     7.2131 C
3 C3     0.8554     0.8554     7.2131 C
4 H4    -1.5202    -1.5202     7.7557 H
5 H5     1.5202     1.5202     7.7557 H
6 C6    -7.9101     0.0000    -0.0000 C
7 C7    -7.2131    -0.8554     0.8554 C
8 C8    -7.2131     0.8554    -0.8554 C
9 H9    -7.7557    -1.5202     1.5202 H
10 H10    -7.7557     1.5202    -1.5202 H
11 Zn11     1.1337     1.1337     1.1337 Zn
12 Zn12    -1.1337     1.1337    -1.1337 Zn
13 Zn13     1.1337    -1.1337    -1.1337 Zn
14 Zn14    -1.1337    -1.1337     1.1337 Zn
15 O15     0.0000     0.0000     0.0000 O
16 O16     0.7988     3.0469     0.7988 O
17 O17    -0.7988     0.7988    -3.0469 O
18 O18     3.0469    -0.7988    -0.7988 O
19 O19     3.0469     0.7988     0.7988 O
20 O20     0.7988    -0.7988    -3.0469 O
21 O21    -0.7988     3.0469    -0.7988 O
22 O22     0.7988    -3.0469    -0.7988 O
23 O23    -0.7988    -0.7988     3.0469 O
24 O24     0.7988     0.7988     3.0469 O
25 O25    -0.7988    -3.0469     0.7988 O
26 O26    -3.0469    -0.7988     0.7988 O
27 O27    -3.0469     0.7988    -0.7988 O
28 C28     0.0000     3.6275     0.0000 C
29 C29    -0.0000    -0.0000    -3.6275 C
30 C30     3.6275    -0.0000     0.0000 C
31 C31     0.0000    -3.6275    -0.0000 C
32 C32     0.0000     0.0000     3.6275 C
33 C33    -3.6275    -0.0000     0.0000 C
34 C34     0.0000     7.9101    -0.0000 C
35 C35     0.0000     5.1191     0.0000 C
36 C36     0.0000    -0.0000    -7.9101 C
37 C37    -0.0000    -0.0000    -5.1191 C
38 C38     5.1191    -0.0000     0.0000 C
39 C39     7.9101     0.0000     0.0000 C
40 C40     0.0000    -5.1191    -0.0000 C
41 C41     0.0000     0.0000     5.1191 C
42 C42    -5.1191    -0.0000     0.0000 C
43 C43     0.8554     7.2131     0.8554 C
44 C44     0.8569     5.8210     0.8569 C
45 C45    -0.8554     0.8554    -7.2131 C
46 C46    -0.8569     0.8569    -5.8210 C
47 C47     5.8210    -0.8569    -0.8569 C
48 C48     7.2131    -0.8554    -0.8554 C
49 C49     7.2131     0.8554     0.8554 C
50 C50     5.8210     0.8569     0.8569 C
51 C51     0.8554    -0.8554    -7.2131 C
52 C52     0.8569    -0.8569    -5.8210 C
53 C53    -0.8569     5.8210    -0.8569 C
54 C54    -0.8554     7.2131    -0.8554 C
55 C55     0.8569    -5.8210    -0.8569 C
56 C56    -0.8569    -0.8569     5.8210 C
57 C57     0.8569     0.8569     5.8210 C
58 C58    -0.8569    -5.8210     0.8569 C
59 C59    -5.8210    -0.8569     0.8569 C
60 C60    -5.8210     0.8569    -0.8569 C
61 H61     1.5202     7.7557     1.5202 H
62 H62     1.5138     5.2630     1.5138 H
63 H63    -1.5202     1.5202    -7.7557 H
64 H64    -1.5138     1.5138    -5.2630 H
65 H65     5.2630    -1.5138    -1.5138 H
66 H66     7.7557    -1.5202    -1.5202 H
67 H67     7.7557     1.5202     1.5202 H
68 H68     5.2630     1.5138     1.5138 H
69 H69     1.5202    -1.5202    -7.7557 H
70 H70     1.5138    -1.5138    -5.2630 H
71 H71    -1.5138     5.2630    -1.5138 H
72 H72    -1.5202     7.7557    -1.5202 H
73 H73     1.5138    -5.2630    -1.5138 H
74 H74    -1.5138    -1.5138     5.2630 H
75 H75     1.5138     1.5138     5.2630 H
76 H76    -1.5138    -5.2630     1.5138 H
77 H77    -5.2630    -1.5138     1.5138 H
78 H78    -5.2630     1.5138    -1.5138 H
79 C79    -0.0000    -7.9101     0.0000 C
80 C80     0.8554    -7.2131    -0.8554 C
81 C81    -0.8554    -7.2131     0.8554 C
82 H82     1.5202    -7.7557    -1.5202 H
83 H83    -1.5202    -7.7557     1.5202 H
84 H84    -0.0000    -8.9961    -0.0000 H
85 H85     0.0000     0.0000     8.9961 H
86 H86    -0.0000    -0.0000    -8.9961 H
87 H87    -0.0000     8.9961     0.0000 H
88 H88     8.9961     0.0000    -0.0000 H
89 H89    -8.9961     0.0000    -0.0000 H
@<TRIPOS>BOND
1 1 2 Ar
2 1 3 Ar
3 1 85 1
4 2 4 1
5 2 56 Ar
6 3 5 1
7 3 57 Ar
8 6 7 Ar
9 6 8 Ar
10 6 89 1
11 7 9 1
12 7 59 Ar
13 8 10 1
14 8 60 Ar
15 11 15 1
16 11 16 1
17 11 19 1
18 11 24 1
19 12 15 1
20 12 17 1
21 12 21 1
22 12 27 1
23 13 15 1
24 13 18 1
25 13 20 1
26 13 22 1
27 14 15 1
28 14 23 1
29 14 25 1
30 14 26 1
31 16 28 2
32 17 29 2
33 18 30 2
34 19 30 2
35 20 29 2
36 21 28 2
37 22 31 2
38 23 32 2
39 24 32 2
40 25 31 2
41 26 33 2
42 27 33 2
43 28 35 1
44 29 37 1
45 30 38 1
46 31 40 1
47 32 41 1
48 33 42 1
49 34 43 Ar
50 34 54 Ar
51 34 87 1
52 35 44 Ar
53 35 53 Ar
54 36 45 Ar
55 36 51 Ar
56 36 86 1
57 37 46 Ar
58 37 52 Ar
59 38 47 Ar
60 38 50 Ar
61 39 48 Ar
62 39 49 Ar
63 39 88 1
64 40 55 Ar
65 40 58 Ar
66 41 56 Ar
67 41 57 Ar
68 42 59 Ar
69 42 60 Ar
70 43 44 Ar
71 43 61 1
72 44 62 1
73 45 46 Ar
74 45 63 1
75 46 64 1
76 47 48 Ar
77 47 65 1
78 48 66 1
79 49 50 Ar
80 49 67 1
81 50 68 1
82 51 52 Ar
83 51 69 1
84 52 70 1
85 53 54 Ar
86 53 71 1
87 54 72 1
88 55 73 1
89 55 80 Ar
90 56 74 1
91 57 75 1
92 58 76 1
93 58 81 Ar
94 59 77 1
95 60 78 1
96 79 80 Ar
97 79 81 Ar
98 79 84 1
99 80 82 1
100 81 83 1
这是输入文件，谢谢各位老师！！！！

Jotaro

89 原子数，100 键数，指的是链接关系，四列值分别为第x个键，键两端的原子序号，键的类型，1表示单键2表示双，Ar 苯环上的碳碳键，

zaqxs234

你这个问题，但凡用一点点的搜索引擎都不至于问，这是社长的帖子，仔细看看吧：http://bbs.keinsci.com/thread-34520-1-1.html

liurui

zaqxs234 发表于 2023-3-23 21:48
你这个问题，但凡用一点点的搜索引擎都不至于问，这是社长的帖子，仔细看看吧：http://bbs.keinsci.com/thr ...

噗，谢谢老师，非常感谢