求助：xyz转cif过程中坐标转换的问题

Dopamine · 发表于 Post on 2023-3-28 15:21:00

各位老师，在使用CP2K优化结构后，产生的xyz文件，本人想用Fortran写一个由xyz文件转cif的小程序，通过如图所示的vectora/b/c我可以计算得到a/b/c三边的长度以及alpha/beta/gamma。但是在坐标转换的过程中犯了难，xyz中的坐标该如何转换成cif文件中的分数坐标形式，希望有老师指点一二，谢谢各位老师。

lyj714 · 发表于 Post on 2023-3-28 16:32:17

你写Fortran，直接参考Multiwfn源码中各种文件格式转换的代码不就行啦。

北大-陶豫 · 发表于 Post on 2023-3-28 20:10:44

本帖最后由北大-陶豫于 2023-3-28 20:22 编辑

乘以晶胞参数矩阵的逆就行了。
设晶胞基矢为 a，b，c，原子的笛卡尔坐标r与分数坐标x的关系为
r = x1a + x2b + x3c
写成矩阵的形式：
r = [a b c] x
其中r，x是列向量，A=[a b c]是晶胞基矢（列向量）拼成的晶胞参数矩阵。所以如果已知r要求x的话，乘以晶胞参数矩阵 A 的逆就行了。
如果对性能要求较高的话，可以直接求解方程组 r = A x，但一般来说3维问题的话恐怕不需要这么做。

sobereva · 发表于 Post on 2023-3-28 23:58:21

根本用不着你自己额外搞程序去转。别舍近求远
按下文说的，在xyz文件里手动加入晶胞矢量，比如Tv_1: 7.426 0.0 0.0 Tv_2: 3.6 6 6.40 0.0 Tv_3: 0.0 0.0 10.0，Multiwfn载入时直接也就有了盒子信息，用主功能100的子功能2直接就能导出cif，没法更方便
使用Multiwfn非常便利地创建CP2K程序的输入文件
http://sobereva.com/587（http://bbs.keinsci.com/thread-21668-1-1.html）

最最最最最最简单的方法莫过于让Multiwfn直接载入优化任务产生的restart文件，用主功能100的子功能2导出cif，整个操作几秒钟的事

如果你就是想了解坐标转换的内部算法，Multiwfn源代码包里PBC.f90里搜subroutine Cart2fract和subroutine fract2Cart

Dopamine · 发表于 Post on 2023-3-29 13:46:18

lyj714 发表于 2023-3-28 16:32
你写Fortran，直接参考Multiwfn源码中各种文件格式转换的代码不就行啦。

有道理，谢谢！

Dopamine · 发表于 Post on 2023-3-29 13:46:40

北大-陶豫发表于 2023-3-28 20:10
乘以晶胞参数矩阵的逆就行了。
设晶胞基矢为 a，b，c，原子的笛卡尔坐标r与分数坐标x的关系为
r = x1a + ...

我就是想了解这个，谢谢老师啦！

Dopamine · 发表于 Post on 2023-3-29 13:47:01

sobereva 发表于 2023-3-28 23:58
根本用不着你自己额外搞程序去转。别舍近求远
按下文说的，在xyz文件里手动加入晶胞矢量，比如Tv_1: 7.426 ...

谢谢社长！

chen0201 · 发表于 Post on 2024-3-8 17:24:57

Dopamine 发表于 2023-3-29 13:46
我就是想了解这个，谢谢老师啦！

请问您成功了吗？可以分享下脚本吗？

Dopamine · 发表于 Post on 2024-3-13 10:08:13

chen0201 发表于 2024-3-8 17:24
请问您成功了吗？可以分享下脚本吗？

我该怎么发给你

Dopamine · 发表于 Post on 2024-3-13 10:12:13

chen0201 发表于 2024-3-8 17:24
请问您成功了吗？可以分享下脚本吗？

我当时比较复杂，后来也没改，你可以参考一下，测试的例子也一并附上

chen0201 · 发表于 Post on 2024-3-18 15:21:04

Dopamine 发表于 2024-3-13 10:12
我当时比较复杂，后来也没改，你可以参考一下，测试的例子也一并附上

非常感谢您的分享！

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