求助：能量最小化出现两个step.pdb

吧唧爱吃糖 · 发表于 Post on 2023-4-12 15:34:58

gromacs能量最小化之后出现两个文件 step13b.pdb和13c.pdb，但是最后的输出也没报错，请问这是什么原因，需要解决吗？怎么解决那？还是不用管他。谢谢大佬们

牧生 · 发表于 Post on 2023-4-12 15:53:27

极大概率是分子拓扑不正确，也有可能是盒子大尺寸不合适。

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-12 17:46:18

如果之后动力学能正常跑就不用管

吧唧爱吃糖 · 发表于 Post on 2023-4-12 18:27:14

sobereva 发表于 2023-4-12 17:46
如果之后动力学能正常跑就不用管

是指后面的nvt没问题就可以吗？还是最后跑md的时候得没问题？
就怕最后跑成品的时候出问题，因为成品可能跑的时间有点长

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-12 18:29:50

吧唧爱吃糖发表于 2023-4-12 18:27
是指后面的nvt没问题就可以吗？还是最后跑md的时候得没问题？
就怕最后跑成品的时候出问题，因为成品可 ...

观看优化轨迹，如果结构没变得异常，而且MD能顺利不出错跑起来，MD轨迹里结构看起来也没异常，就没事

吧唧爱吃糖 · 发表于 Post on 2023-4-12 18:37:26

本帖最后由吧唧爱吃糖于 2023-4-12 19:14 编辑

sobereva 发表于 2023-4-12 18:29
观看优化轨迹，如果结构没变得异常，而且MD能顺利不出错跑起来，MD轨迹里结构看起来也没异常，就没事

老师这里的异常具体是指什么那？我查了一下对不上的两个原子都是水中的OW 和它对应的HW

sobereva · 发表于 Post on 2023-4-12 22:27:33

吧唧爱吃糖发表于 2023-4-12 18:37
老师这里的异常具体是指什么那？我查了一下对不上的两个原子都是水中的OW 和它对应的HW

结构严重扭曲、变形之类

吧唧爱吃糖 · 发表于 Post on 2023-4-13 18:24:04

sobereva 发表于 2023-4-12 22:27
结构严重扭曲、变形之类

好的，谢谢老师，我还想问一下出现这种情况的原因是什么那？因为别的水分子中的OW和HW都没问题，只有一部分出现了这个问题，而插入他们用的pdb文件都是一个，为什么只有这一部分出现了这个问题那？

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