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楼主 Author: 20yslei
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[新手求助] 求助反应物为激发态的过渡态计算

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发表于 Post on 2024-7-30 15:07:06 | 只看该作者 Only view this author
15689900879@163 发表于 2024-7-30 01:49
老师,我计算的是吉布斯自由能垒,为负值。MECP是找T1和O3共同结构的吗?还是仅仅为T1结构的呢?

需要找两个分子的复合物结构的
Zikuan Wang
山东大学光学高等研究中心 研究员
BDF(https://bdf-manual.readthedocs.io/zh_CN/latest/Introduction.html)、ORCA(https://orcaforum.kofo.mpg.de/index.php)开发团队成员
Google Scholar: https://scholar.google.com/citations?user=XW6C6eQAAAAJ
ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
主页:http://www.qitcs.qd.sdu.edu.cn/info/1133/1776.htm
GitHub:https://github.com/wzkchem5
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发表于 Post on 2024-10-27 18:03:21 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2023-5-29 18:00
首先要根据化学常识和文献先例,确定这个反应是经过过渡态、MECP还是锥形交叉点,还是同时经过这几个里面的 ...

老师您好,针对您上次提到的“其次确定过渡态在激发态势能面还是在基态势能面上”,我有以下三点困惑向您请教。
1. 如果过渡态在基态势能面上,那么反应物也应该是基态结构吗,反应过程描述为: reactant (S0; 0 1) -> TS (S0; 0 1) -> product (S0; 0 1),其中0 为电荷,1 或 3为自旋多重度。
2. 如果过渡态在激发态势能面上,那么反应物应该是激发态结构,反应过程描述为(UKS): reactant (T1; 0 3) -> TS (T1; 0 3) -> product (S0; 0 1),其中0 为电荷,1 或 3为自旋多重度。
3. 过渡态在基态势能面上,反应物结构能否是激发态结构呢?反应过程描述为: reactant (T1; 0 3) -> TS (S0; 0 1) -> product (S0; 0 1),其中0 为电荷,1 或 3为自旋多重度。

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发表于 Post on 2024-10-28 11:09:45 | 只看该作者 Only view this author
15689900879@163 发表于 2024-10-27 11:03
老师您好,针对您上次提到的“其次确定过渡态在激发态势能面还是在基态势能面上”,我有以下三点困惑向您 ...

过渡态在哪个势能面上,和反应物在哪个势能面上没有必然联系,所有4种排列组合都是有可能的
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2024-10-28 12:07:49 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-10-28 11:09
过渡态在哪个势能面上,和反应物在哪个势能面上没有必然联系,所有4种排列组合都是有可能的

老师您好
问题1: 您提到“如果在基态势能面上,照常用DFT找过渡态就行了。” 物质A(激发态)和物质B的过渡态,使用物质A的激发态结构与物质B的基态结构进行构建,使用DFT方法进行计算。那物质A(激发态)和物质B(基态)的能量高于过渡态的能量,那么该过程是无垒的吗?

问题2:您之前提到“过渡态和反应物的理论级别必须统一,因此要么都用UKS,要么都用TDDFT”,如果反应物是激发态,过渡态是基态,不知该如何统一计算级别。

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发表于 Post on 2024-10-28 14:59:44 | 只看该作者 Only view this author
15689900879@163 发表于 2024-10-28 05:07
老师您好
问题1: 您提到“如果在基态势能面上,照常用DFT找过渡态就行了。” 物质A(激发态)和物质B的 ...

1. 严格来说需要跑IRC,否则不能排除物质A(激发态)和物质B(基态)先生成一个稳定的反应前复合物,然后再经过过渡态
2. 准确来说是同一条反应途径上的理论级别必须统一,”激发态反应物变成激发态过渡态“和”基态反应物变成基态过渡态“是两条不同的反应途径。如果反应物是激发态,过渡态是基态,说明反应中途切换了反应途径,此时允许对激发态用TDDFT而对基态用DFT,但是泛函、基组等仍然必须统一
Zikuan Wang
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发表于 Post on 2024-10-28 16:42:18 | 只看该作者 Only view this author
wzkchem5 发表于 2024-10-28 14:59
1. 严格来说需要跑IRC,否则不能排除物质A(激发态)和物质B(基态)先生成一个稳定的反应前复合物,然后再 ...

谢谢老师的详细解答和指导。
问题1:您提到“需要跑IRC”,该IRC是基态计算,得到的稳定的反应前复合物也是基态,对吗?
问题2:您提到“反应中途切换了反应途径”。此时反应物(激发态)的结构会转变为基态结构吗?我分别基于激发态结构A*和基态结构A建模过渡态结构TS1和TS2,使用DFT计算TS1和TS2在基态势能面上的能量和结构,两者能量和结构相差不大。该结果是否表示在高斯计算过程中,TS1结构不断趋向于TS2结构,即激发态结构转变为基态结构。

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发表于 Post on 2024-10-28 20:49:11 | 只看该作者 Only view this author
15689900879@163 发表于 2024-10-28 09:42
谢谢老师的详细解答和指导。
问题1:您提到“需要跑IRC”,该IRC是基态计算,得到的稳定的反应前复合物 ...

1. 过渡态是什么态,IRC就跑什么态
2. 激发态TS和基态TS结构相似是正常的,但是能量往往差几个eV,因为毕竟一个是激发态而另一个是基态。所以你得到的这个结论虽然不能说错,但是要反复确认你要拿这个结论说明什么问题,可能能说明的问题很有限
Zikuan Wang
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ORCID: https://orcid.org/0000-0002-4540-8734
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