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本帖最后由 呀芽芽 于 2023-6-26 16:27 编辑
各位老师们好，我做的是水-油界面加表面活性剂体系，前面的处理步骤是用Gaussian 09软件在B3LYP,6-31g(d)水平上进行优化，然后通过Antechamber和Gaussian计算了RESP电荷，用acpype将mol2文件转化为GROMACS可用的itp,top和gro文件。力场为GAFF全原子力场。后又用Packmol构建了盒子，然后改写了总的拓扑文件mix.top。在进行能量最小化输入gmx grompp -f minim.mdp -c box.pdb -p mix.top -o em.tpr命令得到em.tpr文件后，输入gmx mdrun -v -deffnm em -nb gpu命令，报错，显示原子重叠。
我在公社找到了解决办法，说检查初始结构和拓扑文件，但是在我修改了初始结构以后也还是同样的报错。而且盒子里的分子数量很多，我不知道怎么能用肉眼检查出哪部分发生了重叠。我试过增大盒子尺寸，但是依然报错原子重叠。当我的盒子里放的分子数量极少时，是可以完整跑完计算的，但是分子数量太少，不足以模拟我想模拟的表面活性剂在界面的行为。
下面我把我用到的文件和报错信息都放上来，恳请老师可以帮助我看一下到底哪里出了问题。
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发表于 Post on 2023-6-25 21:14:15
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发表于 Post on 2023-6-26 04:20:54
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