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[CP2K] 请问这篇文献里覆盖率为0.5ML的原子个数比是否有问题?

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本帖最后由 NGC626 于 2023-6-26 20:38 编辑

各位老师好,学生近期刚开始接触第一性原理计算,看到了10.1063/1674-0068/cjcp2101016这篇文献里的方法,我所理解的控制覆盖率的方法就是在gview里绘制结构时,控制吸附原子和第一层原子的个数比,但是他这个文献里0.5ML说的是2个衬底原子和2个吸附原子,请问是否应该是4个衬底原子和2个吸附原子呢?另外,学生很好奇,如果单纯使用CP2K可以重复这个文献里使用的方法吗?

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发表于 Post on 2023-6-26 23:21:00 | 只看该作者 Only view this author
是(假设每个衬底原子都是吸附位点)

可以
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-27 09:26:43 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-6-26 23:21
是(假设每个衬底原子都是吸附位点)

可以

谢谢sob老师
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-27 22:12:06 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 NGC626 于 2023-6-27 22:14 编辑
sobereva 发表于 2023-6-26 23:21
是(假设每个衬底原子都是吸附位点)

可以

sob老师好,还有一个地方我不太明白,吸附结构经过优化之后,吸附原子的位置会发生偏离,请问如果想计算某个吸附位置的吸附能,是不是应该冻结这个吸附原子呢?如果不是的话,大致过程是什么样的呢?
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发表于 Post on 2023-6-27 23:39:25 | 只看该作者 Only view this author
NGC626 发表于 2023-6-27 22:12
sob老师好,还有一个地方我不太明白,吸附结构经过优化之后,吸附原子的位置会发生偏离,请问如果想计算 ...

不能冻结,否则得不到真实的吸附能。结构该怎么变怎么变
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-6-28 18:50:35 | 只看该作者 Only view this author
本帖最后由 NGC626 于 2023-6-28 18:52 编辑
sobereva 发表于 2023-6-27 23:39
不能冻结,否则得不到真实的吸附能。结构该怎么变怎么变

sob老师好,我在计算碳原子在过渡金属上的吸附能的时候,构建了3层衬底原子,请问在结构优化的这一步,需不需要把衬底外围未和碳原子接触的原子做冻结呢?我看到在有些文献中,例如10.1016/j.jcrysgro.2021.126047,他们文章中说衬底层构建了7层原子,下面4层原子固定,上面3层原子未固定,然而经过我向作者求证,他们实际计算中只构建了上面3层原子且没有做冻结,请问他们这样做有何影响呢?如何区分在哪些情况下需要做冻结,哪些情况下不需要冻结呢?
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NGC626 发表于 2023-6-28 18:50
sob老师好,我在计算碳原子在过渡金属上的吸附能的时候,构建了3层衬底原子,请问在结构优化的这一步,需 ...

冻结最下面一层,其它都放开
一般至少最下面一层应当冻结,以确保在优化过程中维持体相结构,要不然底层可能出现明显的表面弛豫甚至重构,就和体相相差很大了
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sobereva 发表于 2023-6-29 00:08
冻结最下面一层,其它都放开
一般至少最下面一层应当冻结,以确保在优化过程中维持体相结构,要不然底层 ...

老师好,①我在用CP2K对铱层吸附3个碳原子的结构做opt时,按照您之前的建议选用了PBE-D3(BJ)DZVP-MOLOPT-SR-GTH,体系共40个原子,我的电脑是12核16G,但是目前已经计算了3天还没有结果,请问这样的耗时正常吗?另外还想咨询一下sob老师,假如我用ORCA计算碳原子在过渡金属上吸附的簇模型,所有的结构均在40个原子以内,②选用什么计算级别合适呢?③耗时会不会很长呢?④能否计算出碳原子最稳定的吸附位点,吸附结构,吸附能这些数据呢?
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NGC626 发表于 2023-7-2 12:45
老师好,①我在用CP2K对铱层吸附3个碳原子的结构做opt时,按照您之前的建议选用了PBE-D3(BJ)DZVP-MOLOPT- ...

相关问题别在两个帖子问,在http://bbs.keinsci.com/thread-38338-1-1.html里我提到你的当前模型本身就有硬伤
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