关于构象搜索问题

zhuyoucai · 发表于 Post on 2023-8-2 22:36:55

各位老师好，我目前采用构象搜索获取了多个结构，并统一优化。但是目前存在一个问题就是构象过多我无法每个log文件都打开，我有什么办法可以确定某两个log文件是重复的？我目前使用的一个脚本是生成了一个moi的文件夹，里面有xyz的数值，具体是啥以及在log文件的何处还不太懂（图中后三列），想请教各位老师，非常感谢！

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-8-2 22:42:36

先说清楚你用的是什么构象搜索软件，构象搜索软件又不唯一

zhuyoucai · 发表于 Post on 2023-8-2 22:44:33

wzkchem5 发表于 2023-8-2 22:42
先说清楚你用的是什么构象搜索软件，构象搜索软件又不唯一

我是用crest搜索出很多构象的gjf文件，然后优化

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-2 23:09:40

用molclus（http://www.keinsci.com/research/molclus.html）构象搜索，isostat自动就会根据能量和结构相似性去重，不需要自己顾虑
参看下文的例子，写得都极其清楚，遇到问题随时可以问我
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-577-1-1.html
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html
genmer：生成团簇初始构型结合molclus做团簇结构搜索的超便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2369-1-1.html
将Confab或Frog2与Molclus联用对有机体系做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-20063-1-1.html
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

zjxitcc · 发表于 Post on 2023-8-2 23:22:14

凡是构象搜索程序肯定有RMSD去重功能的。。。你要不要看看程序输出、程序手册

dantevinsky · 发表于 Post on 2023-8-3 08:51:33

前排提醒，尽量不要采用RMSD去重，因为存在原子的交换对称性，可以采用如：能量、偶极矩等方式去重

zjxitcc · 发表于 Post on 2023-8-3 09:48:13

本帖最后由 zjxitcc 于 2023-8-3 09:49 编辑

dantevinsky 发表于 2023-8-3 08:51
前排提醒，尽量不要采用RMSD去重，因为存在原子的交换对称性，可以采用如：能量、偶极矩等方式去重

这是因为常规RMSD没考虑同种元素原子可交换的特点，默认两个结构的原子1-1, 2-2, 3-3一一对应。这个主要在一些中小分子上体现为没法完全去重。它只是没法保证100%剔除重复结构，而不是会去剔除有用的结构，因此并非不能用。

MOKIT中已有RMSD功能，很快将会加入原子序号无关的RMSD功能，届时将不存在这种问题。

zhuyoucai · 发表于 Post on 2023-8-3 10:08:22

sobereva 发表于 2023-8-2 23:09
用molclus（http://www.keinsci.com/research/molclus.html）构象搜索，isostat自动就会根据能量和结构相似 ...

收到，谢谢老师！

zhuyoucai · 发表于 Post on 2023-8-3 10:09:00

zjxitcc 发表于 2023-8-2 23:22
凡是构象搜索程序肯定有RMSD去重功能的。。。你要不要看看程序输出、程序手册

好的，谢谢老师！

zhuyoucai · 发表于 Post on 2023-8-3 10:09:20

dantevinsky 发表于 2023-8-3 08:51
前排提醒，尽量不要采用RMSD去重，因为存在原子的交换对称性，可以采用如：能量、偶极矩等方式去重

好嘞，谢谢您

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-8-3 16:42:10

dantevinsky 发表于 2023-8-3 01:51
前排提醒，尽量不要采用RMSD去重，因为存在原子的交换对称性，可以采用如：能量、偶极矩等方式去重

RMSD默认不考虑原子的交换对称性，但也存在考虑原子的交换对称性的RMSD算法，比如https://github.com/charnley/rmsd这个脚本就可以。但是考虑原子的交换对称性的RMSD算法计算量比较大，所以可以用能量、偶极矩、转动常数等初步去重，但是最后验证两个结构到底是不是一样，还是得做考虑原子的交换对称性的RMSD计算，只有这样判断才严格，不然总有一定可能有两个不同结构的能量、偶极矩、转动常数碰巧一致。不严格的判据越多，把不同结构误判断为一致的概率就越低，但永远无法降到0

sobereva · 发表于 Post on 2023-8-3 17:37:02

dantevinsky 发表于 2023-8-3 08:51
前排提醒，尽量不要采用RMSD去重，因为存在原子的交换对称性，可以采用如：能量、偶极矩等方式去重

Molclus的isostat是根据原子间距离序列来去重的，确保不会因为原子顺序问题影响判断。同时结合能量判断阈值，可以保证去重效果的合理。光通过能量在很多情况下还没法充分去重。

dantevinsky · 发表于 Post on 2023-8-4 09:06:56

sobereva 发表于 2023-8-3 17:37
Molclus的isostat是根据原子间距离序列来去重的，确保不会因为原子顺序问题影响判断。同时结合能量判断阈 ...

那还是很有意思的，谢谢社长指点

dantevinsky · 发表于 Post on 2023-8-4 09:07:44

wzkchem5 发表于 2023-8-3 16:42
RMSD默认不考虑原子的交换对称性，但也存在考虑原子的交换对称性的RMSD算法，比如https://github.com/cha ...

有道理，谢谢wzk老师！

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