求助NAMD并行计算在8卡机上跑8个任务无法达到目标效果

zinczinc

按照博主的最新NAMD编译教程装好了NAMD，和官方提供的稳定版的NAMD3计算速度差异不大。但是问题是我想在8卡机上跑8个任务，好像运行起来无法达到目标效果

1. /namd3 +p10 +setcpuaffinity +devices 0 step.inp

复制代码

使用slurm系统在同一个节点同一个机器上多次提交任务，比如提交两个任务，但是实际运行两个任务共用10个cpu，GPU运行速度也减半。应该怎么办呢
两次提交slurm脚本，并不能达到想要的并行跑的效果

1. #SBATCH --cpus-per-task=10
   
2. #SBATCH --gres=gpu:1
   

复制代码

zinczinc

求助

abin

开ssh
我看看。

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sobereva

zinczinc 发表于 2023-8-9 21:04
求助

有别人回复之前若需要对帖子进行修改、补充，应直接编辑原帖，不要通过回帖进行补充，这点在置顶的新社员必读贴里明确说了。
下次删帖扣分处理

如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “NAMD并行计算” 改了，以后务必注意，下次将删帖+扣分处理。

fhh2626

既然是你自己的机器，就不要用slurm了，直接
namd3 +p10 +devices 0 step.inp > xxx.log &
namd3 +p10 +devices 1 step.inp > xxx.log &
...
不就完事儿了么

另外如果你用了CUDASOAIntegrate的话是不需要这么多CPU核心的

zinczinc

abin 发表于 2023-8-9 21:18
开ssh
我看看。

是公司的账号，需要VP；N登录才能ssh上。抱歉，

zinczinc

感谢，确实用了CUDASOAIntegrate，降低CPU核心数后有收益。因为是公司的电脑，有不同用户提交任务，所以用的slurm。
但是我试过单独提交两个也不行，在同一台机器上运行两个任务 namd3 +p10 +devices 0 step.inp > xxx.log &  。会共用10个CPU，GPU利用率也从95% ——> 50%

fhh2626

zinczinc 发表于 2023-8-9 23:48
感谢，确实用了CUDASOAIntegrate，降低CPU核心数后有收益。因为是公司的电脑，有不同用户提交任务，所以用 ...

devices指定的是GPU序号，你每个作业得指定不同的GPU（devices 1,2,3...)

如果你总共只有10个CPU的话当然会共用，每个作业用1个CPU就行了（+p1）

zinczinc

fhh2626 发表于 2023-8-10 09:12
devices指定的是GPU序号，你每个作业得指定不同的GPU（devices 1,2,3...)

如果你总共只有10个CPU的话 ...

也指定了，分别用的两个GPU
如图：

fhh2626

zinczinc 发表于 2023-8-10 12:02
也指定了，分别用的两个GPU
如图：

看看top, cat /proc/cpuinfo| grep "cpu cores"| uniq 和 cat /proc/cpuinfo| grep "physical id"| sort| uniq| wc -l的输出

abin

开SSH
或者给我登录权限，让我去看看调度配置。

另，无论机器是八个还是十个GPU
通过调度要两个GPU，编号就是0,1。
自己手动编号，死很惨的。

yushang316

你好，请问哪里可以看到新的编译教程啊？我自己想在集群个人账号下编译NAMD3，总是不成功。CUDASOA这个选项一打开就报错，low/high cuda count的错误