求助--如何获得聚合物大分子的拓扑文件用于GROMACS的AMBER OL15力场

HYUAN · 发表于 Post on 2023-9-17 14:34:12

求助--如何获得聚合物大分子的拓扑文件用于GROMACS的AMBER OL15力场。
之前获取小分子的拓扑文件的时候是按照sob老师推荐的sobtop和Multiwfn这两个软件一起使用，然后得到的。但这种方法获取需要用高斯做优化和振动分析。学生最近在做壳聚糖的体系，需要构建聚合度为15的壳聚糖结构，原子数目达到332个，分子量较大，使用高斯优化结构较为困难，想请教老师还有没有其他办法可以得到这种聚合物大分子的拓扑结构，最后是用于GROMACS的AMBER OL15力场体系中的，老师可不可以推荐一下合适的拓扑结构获取方式。其中聚合度为15的壳聚糖结构学生是用Material Studio构建的。

zdworld · 发表于 Post on 2023-9-17 14:59:53

写三个单元做量化分析，生成rtp文件，然后pdb2gmx

HYUAN · 发表于 Post on 2023-9-17 15:07:57

zdworld 发表于 2023-9-17 14:59
写三个单元做量化分析，生成rtp文件，然后pdb2gmx

好的好的，谢谢您，我去试试！

牧生 · 发表于 Post on 2023-9-17 15:11:47

sobtop即可获得聚合物的基于GAFF力场的文件，如果为了省事，可以直接用sobtop调用openbable来分配MMFF94电荷。半分钟之内即可完成。

Acee · 发表于 Post on 2023-9-17 17:14:23

用钟老师开发ztop.py，快捷又灵活

sobereva · 发表于 Post on 2023-9-18 11:10:31

谁说用sobtop非得“需要用高斯做优化和振动分析”了？
又不是要基于Hessian来得到相关参数，非要做振动分析岂不自找浪费时间？
而且优化300多个原子用半经验级别根本花不了多少时间

仔细把sobtop主页http://sobereva.com/soft/Sobtop上的内容阅读完整，绝对不要断章取义

区区300多个原子，直接半经验优化，然后DFT算单点得到波函数文件，Multiwfn算RESP/RESP2(0.5)电荷，sobtop产生itp文件，就完事了，花不了多少时间，也没有比这更好的方法。

HYUAN · 发表于 Post on 2023-9-20 09:03:53

sobereva 发表于 2023-9-18 11:10
谁说用sobtop非得“需要用高斯做优化和振动分析”了？
又不是要基于Hessian来得到相关参数，非要做振动分 ...

好的好的，谢谢sob老师！

qyl · 发表于 Post on 2025-5-23 19:35:48

牧生发表于 2023-9-17 15:11
sobtop即可获得聚合物的基于GAFF力场的文件，如果为了省事，可以直接用sobtop调用openbable来分配MMFF94电 ...

多糖类高分子，模型有九百多个原子，单元重复性不太有规律，利用dft计算获得resp电荷困难，可以直接mmff94电荷代替吗？

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