求助：使用CP2K计算CI-NEB过渡态碰到的程序报错

qq1772733073 · 发表于 Post on 2023-9-16 17:24:58

本帖最后由 qq1772733073 于 2023-9-18 16:23 编辑

各位老师好，我最近在使用CP2K计算过渡态时，按照网络上的教学配合卢天老师的multiwfn生成了用于计算过渡态的输入文件，但是最后在进行过渡态计算过渡态时，任务刚刚开始系统就把我的任务杀掉了。输入文件我也已经上传了。我想请教一下这个报错如何处理？

丁越 · 发表于 Post on 2023-9-16 17:37:03

NUMBER_OF_REPLICA 5 #The number of replica to use in the BAND
NPROC_REP 36 #The number of processors to be used per replica
看这两行，分别指定了插点的数目和每个插点所用的核数。你提交时申请调用核数必然超过了队列系统的限制，自然给你杀了。

qq1772733073 · 发表于 Post on 2023-9-17 09:47:33

本帖最后由 qq1772733073 于 2023-9-17 10:29 编辑

丁越发表于 2023-9-16 17:37
NUMBER_OF_REPLICA 5 #The number of replica to use in the BAND
NPROC_REP 36 #The number of p ...

老师，我试过把核数与插点数调低，但还是一样的报错

丁越 · 发表于 Post on 2023-9-17 12:27:39

qq1772733073 发表于 2023-9-17 09:47
老师，我试过把核数与插点数调低，但还是一样的报错

确保NUMBER_OF_REPLICA * NPROC_REP 的数目小于等于队列最大可调用核数

qq1772733073 · 发表于 Post on 2023-9-18 10:35:06

丁越发表于 2023-9-17 12:27
确保NUMBER_OF_REPLICA * NPROC_REP 的数目小于等于队列最大可调用核数

老师，应该不是这个原因，我们那边服务器队列可调用的最大核数有20×36=720个核，应该是其他原因。

qq1772733073 · 发表于 Post on 2023-9-18 11:03:58

丁越发表于 2023-9-17 12:27
确保NUMBER_OF_REPLICA * NPROC_REP 的数目小于等于队列最大可调用核数

老师，我在计算是还生成了一系列2-r-0.out,2-r-1.out,2-r-2.out文件，里面的报错如下，和这个有关系吗？

丁越 · 发表于 Post on 2023-9-18 20:32:10

qq1772733073 发表于 2023-9-18 11:03
老师，我在计算是还生成了一系列2-r-0.out,2-r-1.out,2-r-2.out文件，里面的报错如下，和这个有关系吗？
...

之前没注意这个字段，你用的是cif，换成xyz格式的文件就没问题了

qq1772733073 · 发表于 Post on 2023-9-19 09:56:19

qq1772733073 发表于 2023-9-18 11:03
老师，我在计算是还生成了一系列2-r-0.out,2-r-1.out,2-r-2.out文件，里面的报错如下，和这个有关系吗？
...

，多谢老师，问题已解决。

qq1772733073 · 发表于 Post on 2023-9-19 09:57:39

丁越发表于 2023-9-18 20:32
之前没注意这个字段，你用的是cif，换成xyz格式的文件就没问题了

，多谢老师，问题已经解决。

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