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[GROMACS] 求助:做离子液体动力学模拟前遇到警告体系总电荷为0.153570可以忽略警告吗?

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做离子液体模拟体系总电荷为0.153570,可以忽略警告吗?如果需要加抗衡离子该如何加入?或者说需要替换相应原子电荷吗?因为我的itp里一个阳离子带的是1.0002个电荷,阴离子带-0.9999个电荷,所以导致体系总电荷不为0。itp文件来均源于LigParGen(http://zarbi.chem.yale.edu/ligpargen/)。

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发表于 Post on 2023-10-17 22:55:26 来自手机 | 只看该作者 Only view this author
差这么点为什么不直接改改原本的电荷呢?又没影响

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发表于 Post on 2023-10-17 22:59:40 | 只看该作者 Only view this author
手动修正一下小数点的误差,保证单分子的itp里面电荷是整数,多余的电荷选择几个较大值的原子微调一下。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-18 00:09:44 | 只看该作者 Only view this author
slxc920113 发表于 2023-10-17 22:59
手动修正一下小数点的误差,保证单分子的itp里面电荷是整数,多余的电荷选择几个较大值的原子微调一下。

好的 感谢您的回复!

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发表于 Post on 2023-10-18 03:59:07 | 只看该作者 Only view this author
北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里我专门提到了


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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-10-18 08:28:06 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-10-18 03:59
北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)里我专门提到了 ...

谢谢老师

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