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本人最近刚刚接触MD模拟以及lammps，在网上看模拟到计算粘度相关的教程之后存在如下问题：一般viscocity计算法通常有Muller-Plathe法以及Green-kubo法，但目前来看对于初期学习，Muller-Plathe法较为简便，但是现有教程感觉都并无完整计算流程，本人也参照论文原文Reversing the perturbation in nonequilibrium molecular dynamics: An easy way to calculate
the shear viscosity of fluids进行相关学习，计算粘度时一般参照下图公式：
但教程中粘度计算部分如下：
compute layers all chunk/atom bin/1d z center 0.05 units reducedfix 4 all ave/chunk 20 50 1000 layers vx file velocity_profile.datfix 5 all viscosity 100 x z 20fix 6 nvevariable dVx equal f_4[11][3]-f_4[1][3]thermo 1000thermo_style custom step temp press etotal v_dVx f_5 run 50000
按照本人理解，此过程仅涉及δvx/δz的计算，对其他参量并无描述，请问各位是我的理解有误还是他确实没有将粘度算完？如果部分缺失的话，公式比值上方部分参量应如何计算？
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发表于 Post on 2023-10-31 14:56:37
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楼主 Author