关于用gentor对含杂环化合物键的旋转

一朵云 · 发表于 Post on 2023-11-9 22:58:10

我在阅读sob老师写的“gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具” 后
对自己的化合物进行了旋转该化合物有四个手性 16个构型可以每次旋转前保留四个手性不变旋转其他可以旋转的键吗？
我这个化合物有一个呋喃环这个环含连着三个手性中心，本人不知道该如何旋转才能得到想要的构型的初步构象搜索

zjxitcc · 发表于 Post on 2023-11-9 23:12:48

环构象难以通过旋转环上的单键得到，比较方便的方式是跑分子动力学，从动力学轨迹里提取结构。环外单键仍然可以通过旋转产生构象。

一朵云 · 发表于 Post on 2023-11-9 23:18:37

zjxitcc 发表于 2023-11-9 23:12
环构象难以通过旋转环上的单键得到，比较方便的方式是跑分子动力学，从动力学轨迹里提取结构。环外单键仍然 ...

请问免费的常用的分子动力学软件是什么呀~？我是新手

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-11-9 23:26:07

一朵云发表于 2023-11-9 16:18
请问免费的常用的分子动力学软件是什么呀~？我是新手

对于一般大小的分子，可以用xtb跑，直接用xtb也行，用orca调用xtb也行
对于特别小的分子，DFT AIMD能跑得动的体系，用orca、cp2k等
对于特别大的分子，xtb跑不动的，用gromacs等

一朵云 · 发表于 Post on 2023-11-9 23:39:02

wzkchem5 发表于 2023-11-9 23:26
对于一般大小的分子，可以用xtb跑，直接用xtb也行，用orca调用xtb也行
对于特别小的分子，DFT AIMD能跑 ...

我用过molclus调用xtb跑了一次发现得到的结果从原始的一个构型变成了另一个构型是我的操作有误吗？还是用xtb跑分子动力学不会保留分子构型会把所有可能的构型和他们的构象都模拟一遍最后得出的构型就是最后的结果呀？

zjxitcc · 发表于 Post on 2023-11-9 23:39:42

一朵云发表于 2023-11-9 23:18
请问免费的常用的分子动力学软件是什么呀~？我是新手

gromacs/lammps/amber/namd/...几十款

sobereva · 发表于 Post on 2023-11-10 07:20:26

仔细把此文看了，你该效仿的是此文的例子
使用Molclus结合xtb做的动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索
http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html

wzkchem5 · 发表于 Post on 2023-11-13 02:35:08

一朵云发表于 2023-11-9 16:39
我用过molclus调用xtb跑了一次发现得到的结果从原始的一个构型变成了另一个构型是我的操作有误吗？还是 ...

构型这个词有很多意思，（1）两个分子形成非共价复合物是构型，（2）胺氮的三角锥构型也是构型，（3）过渡金属配合物的顺式配位和反式配位也是构型，（4）手性碳的R型和S型也是构型。（1）、（2）变化一般是合理的，（4）变化一般不合理，（3）变化是否合理需要看情况。
先明确你说的构型是哪个意思，再讨论结果是否合理

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