本帖最后由 Huschein 于 2023-11-15 16:29 编辑
首先介绍一下Tinker：Tinker分子建模软件是一个完整和通用的分子力学和动力学软件包，具有一些生物聚合物的特殊功能。Tinker能够使用几种常用的参数集，如Amber (ff94, ff96, ff98, ff99, ff99SB)， CHARMM (19,22,22 /CMAP)， Allinger MM (MM2-1991和MM3-2000)， OPLS (OPLS- ua, OPLS- aa)，默克分子力场(MMFF)， Liam Dang的极化模型，AMOEBA(2004, 2009, 2013, 2017, 2018)极化原子多极力场，AMOEBA+增加电荷穿透效应，以及我们的新HIPPO(类氢原子间极化势)力场。其他力场模型的参数集正在考虑将来的版本中使用。他目前由华盛顿大学Ponder课题组维护（https://dasher.wustl.edu/tinker/）。 对于我来说，目前初步入门Tinker，了解的不是很多，但是谈起为什么要用Tinker，主要还是因为他有我目前认为最完善的可极化力场——AMOEBA(https://doi.org/10.1021/jp910674d)，虽然amber中也有实现pGM的可极化力场，但是个人认为不如AMOEBA。那也有人会问，比起Tinker，OpenMM也实现了AMOEBA，为什么不用OpenMM呢？那自然是因为Tinker有AMOEBA的升级版AMOEBA+（AMOEBA Pro，DOI: 10.1021/acs.jctc.9b00261），它号称有匹配SAPT的能力，并且在不同级别基组的情况下与SAPT进行了benchmark，这自然是最诱人的可极化力场了。但是对比起传统的力场（Amber系和CHARMM系），他力场支持的package有点老旧，不值得用，但值得一提的是，Tinker貌似是可以直接支持QM/MM的（不太确定，没有深入了解）。 但是Tinker可以说是究极小众的程序了，在中文论坛中你基本只能找到不超过10篇Tinker相关的帖子；英文论坛的情况也没有好到哪里去，但我目前的工作主要还是在编译上，还没有非常深入的了解，不过接下来的工作会依托于Tinker展开，后续可能会跟进更多的Tinker相关文章（btw， Google搜Tinker tutorial竟然没有什么东西，这就已经可以体现出Tinker有多么小众了）。
我使用的系统是Ubuntu22.04，Gfortran版本是9.4.0. 用这个来Tinker8.10没有太大问题，同时Tinker也支持intel编译器，但是可能有一些问题，后续会提到，本文主要依托于Gfortran，对于intel版本可以自行尝试。
Gfortran编译 1. 首先先检查你自己gfortran有没有，这个太简单了，不会的自己查查就行。然后下载source code，建议从GitHub下载，从Ponder的网站下载的code我基本都是编译失败，各种报错，但是我没有做系统分析和测试，读者可以自己尝试。不用git clone也可以自己去他的网站下载（https://github.com/TinkerTools/tinker）。
2. 解压就不用说了，解压完进入tinker/fftw，随后开始编译fftw库（虽然tinker/lib/linux里面有编译好的fftw库，但是我直接用的话，编译会报错，建议还是自己编译）。编译成功的标志就是出现fftw/lib里面会有一堆.a结尾的包，虽然user guide里面说复制 libfftw3.a和libfftw_thread.a就够了，但是我这么做就会报错（其实很多地方的报错可能不由于这一个单一原因，但是你就按我说的做就完了），但是我建议你把所有.a文件复制到/tinker/source中。
export CC=gcc (or "setenv CC gcc" for csh/tcsh) export F77=gfortran (or "setenv F77 gfortran" for csh/tcsh) ./configure --prefix=/home/ponder/tinker/fftw --enable-threads --enable-openmp Make -j make install
3. 如2所说，复制所有fftw库文件到/tinker/source，然后把/tinker/linux/gfortran里面所有东西也复制到/tinker/source，接下来就可以开始无脑编译了
chmod +x * -R ./compile.make （等待5分钟左右） ./library.make ./link.make （等待5分钟左右）
4. 最后你可以用命令行把所有.x结尾的文件移动到bin目录，这样你就得到Tinker所有的编译文件了，至于export到bashrc这种事情，这么简单就自己做就行了。
Intel编译 首先，如果你要用intel编译，我首先建议你不要瞎折腾，不如gfortran，不见得intel编译出来的运行效率高到哪里去。如果你还是要折腾，那就继续看吧。 1. 首先下载和解压什么的和Gfortran是一样的，参考上面的1就行 3. 还是一样的解压，解压完进入tinker/fftw，随后开始编译fftw库，我这里写的很简略，我建议读者还是看看gfortran那边关于fftw的编译。这里其实就是把编译器换一下就行了，细节还得看上面
export CC=icc export F77=ifort ./configure --prefix=/home/ponder/tinker/fftw --enable-threads --enable-openmp Make -j make install
4. 后面所有的步骤按照gfortran的3和4步即可
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发表于 Post on 2023-11-15 16:22:31
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