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[GROMACS] 请教能量极小化时提醒itp文件存在的问题

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本身是一个原子数大于200的多糖,所以在产生itp文件时没法使用LigParGen。
于是选择了另一个在线生成的TPPmktop(因为可以使用OPLS-AA力场),但是在进行能量极小化的时候才发现itp文件里出现了以下这行:
#error CORRECT VERSION OF FORCE FIELD [TPPREV_jun16] WAS NOT INCLUDED
经过搜索没能找到一些相关信息,想请问各位老师同学这个error是表示我的pdb文件不能通过这个力场生成itp文件吗,或者是否有更好的生成拓扑文件的方式,感谢。

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发表于 Post on 2023-11-19 17:23:18 | 只看该作者 Only view this author
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-19 17:48:11 | 只看该作者 Only view this author
牧生 发表于 2023-11-19 17:23
http://sobereva.com/soft/Sobtop/#intro

几乎万能

谢谢您的回复!在考虑使用sobtop生成拓扑文件了。但是很想知道现在问题出在哪里~

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发表于 Post on 2023-11-21 02:54:32 | 只看该作者 Only view this author
Lingwei12138 发表于 2023-11-19 17:48
谢谢您的回复!在考虑使用sobtop生成拓扑文件了。但是很想知道现在问题出在哪里~

问一些难用的程序遇到的问题怎么解决没有意义,直接用一个更好用的程序就完了,楼上的说了,要么你就去问那个程序的作者。倘若用该用的程序遇到问题,才有问的价值,到时候把问题详细描述清楚
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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-28 09:21:55 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-21 02:54
问一些难用的程序遇到的问题怎么解决没有意义,直接用一个更好用的程序就完了,楼上的说了,要么你就去问 ...

好的,感谢老师的回复.老师,GAFF力场适合于有机小分子的话,对于淀粉是不是不太合适,需要用glycam或者gromos等适合糖类的力场去生成拓扑文件?

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-28 11:48:11 | 只看该作者 Only view this author
Lingwei12138 发表于 2023-11-28 09:21
好的,感谢老师的回复.老师,GAFF力场适合于有机小分子的话,对于淀粉是不是不太合适,需要用glycam或者gromo ...

打扰sob老师啦,看了几篇文献知道要力场要修正,用修正的葡萄糖力场啦.

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发表于 Post on 2023-11-28 23:56:58 | 只看该作者 Only view this author
Lingwei12138 发表于 2023-11-28 09:21
好的,感谢老师的回复.老师,GAFF力场适合于有机小分子的话,对于淀粉是不是不太合适,需要用glycam或者gromo ...

是。
有专一性的力场一定要用专一性的,没有的时候才适合用GAFF
北京科音自然科学研究中心http://www.keinsci.com)致力于计算化学的发展和传播,长期开办极高质量的各种计算化学类培训:初级量子化学培训班中级量子化学培训班高级量子化学培训班量子化学波函数分析与Multiwfn程序培训班分子动力学与GROMACS培训班CP2K第一性原理计算培训班,内容介绍以及往届资料购买请点击相应链接查看。这些培训是计算化学从零快速入门以及进一步全面系统性提升研究水平的高速路!培训各种常见问题见《北京科音办的培训班FAQ》
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