系统中插入小分子，小分子本身带电荷，为什么gmx grompp计算电荷没变化

CharlesN · 发表于 Post on 2023-11-22 23:14:52

大佬们好我在向盒子里面insert-molecules添加了我想要的分子，这些分子自身被高度质子化；每个分子会质子化4个氨基也就说带四个正电（+1 Charge ×4），添加到系统中后（添加了十个）我再进行gmx grompp预处理计算系统电荷的时候仍旧显示我的系统（我的是DNA系统）带-45个电荷，我加我的分子之前也是-45，可是我的分子明明带正电荷呀这是什么情况呢

牧生 · 发表于 Post on 2023-11-23 07:41:01

你没分配电荷

CharlesN · 发表于 Post on 2023-11-23 08:57:16

牧生发表于 2023-11-23 07:41
你没分配电荷

感谢大佬现在已经在学gaussian和multiwfn了

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[GROMACS] 系统中插入小分子，小分子本身带电荷，为什么gmx grompp计算电荷没变化