gmx insert-molecules在气液界面真空区插入分子求助

七尺贱

各位老师好，我想在气液界面的真空区插入一个小分子，小分子位于液体slab质心上面0.5nm处

输入的命令是这样的gmx insert-molecules -f equilibrium.gro -ci GL.pdb -box 2.6 2.6 8.6 -o new.gro -ip pos.dat -nmol 1
虽然在指定位置插入了，但是右下角多了一个小分子

我用-nmol 1限定只能插入一个了，为什么会出现这种插入两个分子的情况


Using random seed -338432129
Only 0 columns on line 1 in file pos.dat
Only 0 columns on line 2 in file pos.dat
Only 0 columns on line 3 in file pos.dat
Only 0 columns on line 4 in file pos.dat
Only 0 columns on line 5 in file pos.dat
Only 0 columns on line 6 in file pos.dat
Read 7 positions from file pos.dat

Try 1 success (now 1786 atoms)!
Try 2 success (now 1792 atoms)!
Try 12 skipped position (0.000, 0.000, 0.000)
Try 22 skipped position (0.000, 0.000, 0.000)
Try 32 skipped position (0.000, 0.000, 0.000)
Try 42 skipped position (0.000, 0.000, 0.000)
Try 52 skipped position (0.000, 0.000, 0.000)

Added 2 molecules (out of 7 requested)
Writing generated configuration to new.gro

Output configuration contains 1792 atoms in 542 residues

Lacrimosa

仔细阅读你的报错内容就能发现问题。
pos.dat文件里有多少行就会插入多少个，你pos.dat里有7行，所以插入了多个

另外坐标不要写+

七尺贱

Lacrimosa 发表于 2023-11-25 10:23
仔细阅读你的报错内容就能发现问题。
pos.dat文件里有多少行就会插入多少个，你pos.dat里有7行，所以插入 ...

原来是这样吗，非常感谢，我当时看到这个提示了，但我想着我有空行，但我也没写坐标，就没管

Njr.

同学 我的报错 "Expected 3 columns (x/y/z coordinates) in file pos.dat"，但是我的dat文件里就一行，而且是三列，不知道是哪里错了，你有没有遇到这样的报错呀

七尺贱

Njr. 发表于 2025-5-19 17:09
同学 我的报错 "Expected 3 columns (x/y/z coordinates) in file pos.dat"，但是我的dat文件里就一行，而 ...

没有遇到过这种报错，你可以上传文件，让大家看一下

Njr.

我用的这行指令“gmx insert-molecules -f watergas.gro -ci da.pdb -box 1.86705 1.86705 6.00000 -o dagas.gro -ip pos. dat -nmol 1”，
报错是"Fatal error:Expected 3 columns (x/y/z coordinates) in file pos.dat"，还有“WARNING:Masses and atomic(Van der Waals) radii wi1l be guessedbased on residue and atom names, since they could not bedefinitively assigned from the information in your inputfiles, These guessed nubers might deviate from the massand radius of the atom type.Please check the outputfiles if necessary.
NOTE: From version 5.0 gmx insert-molecules uses the Van der Waals radiifrom the source below, This means the results may be differentcompared to previous GROMAcS yersions”

七尺贱

Njr. 发表于 2025-5-19 19:31
我用的这行指令“gmx insert-molecules -f watergas.gro -ci da.pdb -box 1.86705 1.86705 6.00000 -o daga ...

我不太清楚，但是从你的报错推测来看不是pos.dat的文件，可能是你结构文件的问题

Njr.

七尺贱 发表于 2025-5-19 21:00
我不太清楚，但是从你的报错推测来看不是pos.dat的文件，可能是你结构文件的问题

但是我不加这个dat文件，不指定位置就是可以正常插分子的