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[GROMACS] Gromacs跑MD小分子跑出盒子

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本帖最后由 七尺贱 于 2023-11-27 12:24 编辑

各位老师好,我在气液界面真空区上方放置了一个小分子,想看小分子能否自发进入液相,初始位置如图1所示。
这个小分子会向上运动离开盒子,然后从下方进入液相,图1→图2→图3→图4.
想问下各位老师这种情况正常吗,为什么会出现这种情况


202311271220558141..png (27.73 KB, 下载次数 Times of downloads: 0)

图3

图3

202311271220235264..png (27.37 KB, 下载次数 Times of downloads: 1)

图2-向上运动

图2-向上运动

202311271219202524..png (38.01 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

图1-初始位置

图1-初始位置

202311271222172834..png (37.68 KB, 下载次数 Times of downloads: 2)

图4,从下方进入液相

图4,从下方进入液相

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-27 12:25:03 | 只看该作者 Only view this author
@Lacrimosa 求助大佬

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发表于 Post on 2023-11-27 16:57:02 | 只看该作者 Only view this author
因为你模拟设置了Periodic Boundary Condition,再正常不过。

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-27 21:15:56 | 只看该作者 Only view this author
snljty2 发表于 2023-11-27 16:57
因为你模拟设置了Periodic Boundary Condition,再正常不过。

是正常的吗,那就行,谢谢您的回复

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发表于 Post on 2023-11-28 03:50:58 | 只看该作者 Only view this author
做动力学模拟要对背景知识有点最基本的了解

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsci.com/workshop/KGMX_content.html)的ppt:

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 楼主 Author| 发表于 Post on 2023-11-28 09:29:05 | 只看该作者 Only view this author
sobereva 发表于 2023-11-28 03:50
做动力学模拟要对背景知识有点最基本的了解

参考北京科音分子动力学与GROMACS培训班(http://www.keinsc ...

谢谢老师

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