如何更改OMP_NUM_THREADS

qq286792125

各位老师好，我按照sob老师的视频《GROMACS 2018.4在CentOS 7.6下的安装过程演示》装好了gromacs，但在模拟的时候，会有这样的提示：

Your choice of number of MPI ranks and amount of resources results in using 12 OpenMP threads per rank, which is most likely inefficient. The optimum is usually between 1 and 6 threads per rank.


然后在gmx mdrun 后面加上了  -ntomp 6，就会有这样的提示：

Environment variable OMP_NUM_THREADS (12) and the number of threads requested on the command line (6) have different values. Either omit one, or set them both to the same value.


但我又看了几遍安装视频，并没找到在哪更改OMP_NUM_THREADS，请问各位老师改如何更改？

另外，这是我的cpu（之前写的cup），现在用gromacs模拟近5万原子的体系，最多才11ns/day，是不是因为没配置好，太慢了？请各位老师指导，多谢！

Architecture:          x86_64
CPU op-mode(s):        32-bit, 64-bit
Byte Order:            Little Endian
CPU(s):                72
On-line CPU(s) list:   0-71
Thread(s) per core:    2
Core(s) per socket:    18
Socket(s):             2
NUMA node(s):          2
Vendor ID:             GenuineIntel
CPU family:            6
Model:                 63
Model name:            Intel(R) Xeon(R) CPU E5-2696 v3 @ 2.30GHz

Stepping:              2
CPU MHz:               1199.975
CPU max MHz:           3800.0000
CPU min MHz:           1200.0000
BogoMIPS:              4599.83
Virtualization:        VT-x
L1d cache:             32K
L1i cache:             32K
L2 cache:              256K
L3 cache:              46080K
NUMA node0 CPU(s):     0-17,36-53
NUMA node1 CPU(s):     18-35,54-71

牧生

你打开bashrc看看

qq286792125

牧生 发表于 2023-12-4 10:00
你打开bashrc看看

谢老师回复，bashrc里面和gmx有关的只有一条，source /home/Downloads/gmx2018.4/bin/GMXRC，
我又加上了export OMP_NUM_THREADS=6也没有用，是路径没设置对的问题？

sobereva

运行unset OMP_NUM_THREADS把这个环境变量取消掉

不要拼错CPU

qq286792125

sobereva 发表于 2023-12-4 10:26
运行unset OMP_NUM_THREADS把这个环境变量取消掉

不要拼错CPU

谢谢sob老师，可以改了！

不好意思，发帖没仔细看，后面注意